基于新时代文化的精神堡垒、经济协同、城镇内生动力的重要作用,立足文化自信旗帜高举、历史文化保护日益重要的时代背景,针对历史城镇复兴背后的文化基因稀释现状,结合文化深耕不足的现实困境,本文选取文化基因视角对历史城镇的文化基因体系构建与保护应用展开研究,以应对文化基因体系庞杂、研究理念未更新、组构层积不明、实践与理论研究对应性尚有欠缺的等研究现状,优化文化基因研究方法,完善主体文化基因构成体系,指出文化基因优化与谱系筛查路径。在研究内容上,文章在第一章“绪论”提出了文化基因研究背景、范围与对象、目的及意义、研究内容与方法,提出了研究框架。第二章“相关概念与实践研究基础”分析了文化基因及其他城镇相关基因研究现状,通过对其分类、提取、层级、传承及研究重点的分析解读现有研究。第三章“历史城镇文化基因体系构建”则是方法构建内容。首先,基于城镇研究理念的价值变迁,认为应当从21世纪的复杂科学理念下的生命观解读文化基因,并指出了文化基因的遗传逻辑。随后,基于基因遗传逻辑与现有文化基因识别模式提出了“转录+逆转录”模式的优化方法,一是基于基因转录方法,认为文化基因应当包含物质与信息的双层识别内容,并可以进一步划分为生态环境脉络、形态演变脉络、历史发展脉络、精神传承脉络的分类体系;二是运用逆转录的方法,本文认为文化基因同样具有与基因相似的结构与功能,类似于基因的碱基序列、片段及基因整体的构成结构,文化基因亦有着“元—列—组”的基因结构,“元—列—组”的逆转录过程具有较好的可识别性与实操性。三是基于“转录+逆转录”过程提取“两层,四脉”之下的文化基因“元—列—组”组成,认为文化基因应当由环境基因、布局基因、建筑基因、习俗基因、信仰基因及历史基因构成,并最终构建文化基因的“两层,四脉,三级,一谱”体系框架。第四章“舟山定海古城文化基因体系构建”属于实证研究内容,本章首先针对舟山定海古城物质与信息层下古城变迁初步转录识别了古城文化基因母体。随后对定海的四脉基因构成进行逆转录提取,验证及回应了两层识别内容,并最终形成了定海古城背山环水面海临岛,礼制基础、实用为先,徽式风格,海岛特点,船渔文化、吴越色彩,佛教为主,多元包容,军事重镇、海防要塞等的文化基因体系。第五章“舟山定海古城文化基因保护与更新探索”亦为案例实践。文章根据基因逻辑提出不同阶段的文化基因优化路径,针对古城文化基因体系分析了当代定海城市文化基因的突出问题。在此基础上提出了定海古城的保护及更新策略,包括地脉基因的山海城宏观格局保护,形脉基因的空间及建筑体系导控,以及文脉、史脉基因的文化基因保育传承策略,并指出具体实践方法。