分类管理是解决我国高等院校发展中存在的定位失衡、特色缺失以及同质化倾向的有效手段,是促进高等院校科学管理的有效途径。北京作为我国高等教育最发达地区之一,近些年不仅实现了从精英化向大众化发展,而且已经向普及化方向迈进。北京市属普通高等院校作为北京地区高等教育大众化、普及化的主要力量,不仅规模数量逐年扩大,而且办学层次、学科专业也得到提高与丰富。但伴随着规模的快速扩张,随之而来的定位失衡、特色缺失、同质化发展的趋势也普遍存在,如何有效的避免上述问题,推动高等院校分类管理,受到广泛的关注。研究以组织结构理论与差异化管理理论为基础,构建高等院校分类管理研究的理论分析框架。采用文献研究法、比较研究法、专题访谈法,对北京市属普通高等院校展开实证分析。结合管理中的分类体系,总结北京市属普通高等院校分类管理在举办者结构、办学层次结构、学科专业结构三方面存在的问题,并分析成因。对于高等院校分类管理的理论分析,研究认为:应从实施高等院校分类管理的目标出发,明确分类管理的指向,从高等教育系统的整体性与高等院校间的差异性两个方面开展研究分析。对于北京市属普通高等院校的分类管理,研究认为:应结合北京市属普通高等院校发展的实际,从优化分类体系、调整高等院校分类管理模式两个方面入手,理清北京市属普通高等院校举办者结构,构建统一的保障体系;规范北京市属普通高等院校办学层次结构,促使高等院校合理定位;调整北京市属普通高等院校学科专业结构,避免趋同化现象的发生。