本文研究了工程波动多次透射理论在模拟水波与浮体相互作用中的若干问题。该理论在地震工程、电磁波工程等众多领域中得以广泛的应用。本文尝试将多次透射理论的人工边界方法应用于三维物体的水波辐射和绕射的问题中，并总结出一些稳定实现人工边界条件的规律。 建立了边界元法求解三维物体的水波辐射问题的数值模型，并利用此数值模型对半球的规则波辐射问题进行了数值模拟。总结了时间步长，面元划分，人工波速的选择，远方辐射面的形状和远近等参数的选择规律。计算了自由面的速度势以及半球所受到的水动力，得到了稳定的数值解。模拟结果显示该方法能够较好的模拟远方辐射条件。 以直立圆柱桩的单色、双色规则波和不规则波绕射问题为算例，具体的介绍了透射理论在水波绕射问题中的应用。计算结果与理论值符合的较好。为人们解决不规则波与浮体的作用这一水动力学上的难题开拓了一条新途径。 模拟了wigley船模型的规则波绕射问题。远方辐射面的形状采用四个矩形面围成的方型套筒。计算了wigley船模所受的垂向波浪力和纵向波浪力。