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苹果轮纹病是我国苹果生产中的三大病害(腐烂病、轮纹病、早期落叶病)之一。主要侵染苹果枝干和果实,引起枝干表皮的结瘤和开裂、果实的腐烂,并造成贮藏期的苹果腐烂,给苹果生产和储藏造成巨大损失。我国苹果轮纹病病原缺乏系统研究,病原菌名称使用混乱,因此,开展苹果轮纹病病原的系统鉴定、病原种类构成以及多样性研究十分迫切。本研究对陕西苹果产区渭南、白水、洛川、浦城、韩城、乾县、武功、彬县、旬邑、淳化、泾阳、扶风、岐山、大荔、凤翔、合阳、杨凌、绛帐、千阳等地苹果轮纹病果实和枝干样本进行采集,获得标样347份。通过分离培养,得到纯菌种212株。通过对病原菌形态特征的观察,rDNA-ITS区序列系统发育分析和SSR分子标记聚类分析等方法,对陕西省苹果轮纹病病原菌进行鉴定和多样性分析,主要结果如下:(1) rDNA-ITS系统发育分析显示,陕西省苹果轮纹病病原菌是葡萄座腔菌属(Botryosphaeria)下的三个种:Botryosphaeria dothidea、B. malicola和B. obtusa。95.2%的菌株分布在B. dothidea种,2.4%的菌株分布在B. malicola种,2.4%的菌株分布在B. obtusa种,说明B. dothidea是主要类群,B. malicola和B. obtusa为偶发类群。(2) rDNA-ITS系统发育分析显示,引起杨树溃疡病、石榴干腐病、枣树溃疡病、梨树轮纹病、桃树流胶病的病原菌与苹果轮纹病的病原相同,都是B. dothidea种,来自这些病害的菌株都能侵染苹果果实,说明这些病害病原菌在田间可能是苹果轮纹病的侵染来源。(3) rDNA-ITS系统发育分析显示,供试菌株中B. dothidea种分为两个类群;SSR分析结果显示,在100%的遗传相似性水平上,供试菌株中B. dothidea种分为20个种群,每个种群包括1～6个菌株,在50%的相似性水平上,分为两个类群,说明B. dothidea种内存在显著的遗传差异,和病原菌的地理分布没有相关性,和寄主表现出一定的相关性。(4) rDNA-ITS系统发育分析显示菌株Hc-5-1以100%的支持率和B. obtusa处在同一分支,序列分析显示他们没有差异,将该菌株鉴定为B. obtusa种,并且能够侵染苹果果实,是苹果果实轮纹病的新病原。(5)菌株Fx-3-1的分生孢子特征与其他B. dothidea种菌株有明显的差异,rDNA-ITS系统发育分析显示该菌株处在独立的分支上,因此将他鉴定为新种,命名为苹果生葡萄座腔菌(Botryosphaeria malicola X.Y. Sun & G.Y. Sun, sp. nov.),致病性测定显示菌株能够侵染苹果果实,该种为苹果果实轮纹病的新病原。并对其特征进行了描述:PSA培养基上菌丝絮状,气生菌丝非常发达形成菌丝束,菌落颜色先白色后变成灰黑色,分生孢子器球形,灰黑色或黑色,直径290-410μm,大多数散生,少数聚生,分生孢子梗无色,无隔,薄壁,圆柱形,具分支,产孢细胞离散或聚合,柱形或烧瓶形,透明,光滑,全裂,平均大小为14.5-20×3-4μm,产单孢,常见1-2个产孢痕,分生孢子大多数为瓶状,最宽处在中部偏上1/3处,顶端微钝,基部钝圆,少数为梭形,自然状态下分生孢子大小(21.5-)22.5-25.5(-27)×5-6μm,150个分生孢子长宽的平均值为23.7×5.5μm,长宽比为4.3,培养条件下分生孢子形状与自然条件下相近,多数为瓶状,少数为梭形,比自然条件下孢子稍短、稍窄,大小(20-)22-24(25.5)×4-5μm,平均值为22.4×4.7μm,长宽比为4.8。