行政协议虽然已经被纳入我国行政法体系中,但行政协议当事人发生争议时,法律法规和司法解释等的规定却无法完美解决纠纷。在理论界和实务界出现了诉诸民事诉讼、转向寻求行政机关的强制执行权、利用非诉执行等途径,但均存在不合理之处,而以反向行政诉讼制度解决相对人不履行协议问题有其他途径不具有的优势。基于现实需求,在行政协议诉讼中有条件地允许反向行政诉讼的存在确有必要性。并且在行政协议诉讼中适用反向行政诉讼,在我国具有可行性。行政诉讼的本质是司法审查,并不存在限定只有一方能提出诉讼的内在规定,且行政诉讼当事人及其法律地位具有“相对稳定性”,并非“恒定性”,从这两点来说,我国行政诉讼法并不是天然排斥反向行政诉讼;同时,反向行政诉讼顺应“柔性”行政的趋势;行政协议不同于一般行政行为,它在具有“行政性”的同时,其“契约性”也非常突出,这一特殊性也为该制度构建奠定了基础。行政协议制度在国内发展的年限较短,而域外很多国家和地区已经率先进行了相关的制度构建及完善,其中德国、法国和我国台湾地区的经验有很好的借鉴作用。德国行政法强调行政协议中双方主体的地位平等,规定在行政协议没有约定强制执行条款时,行政机关得以就相对人违约向法院提起行政诉讼;我国台湾地区行政协议植根于德国,与德国规定大体相似;法国规定更为细致,它还规定在行政机关放弃单方解除权时和特定的特许公共合同发生纠纷两种情况下,行政机关只能通过诉讼解决问题。可以发现这三个国家和地区在处理行政协议时行政机关的原告资格问题上,虽然规定各有不同,但又有共通之处,即都承认了在一定条件下,行政机关拥有就行政相对人的违约情况向法院提起诉讼的资格。允许行政协议反向诉讼这一制度在各国（地区）实践中证实了其益处良多,在确保行政诉讼定位不偏移的情况下,结合我国本土实际情况,通过立法上的创新,以应对传统行政纠纷中没有的对等关系,建议在行政诉讼法中对行政协议诉讼进行单独立章。在行政诉讼章节规定反向行政协议诉讼,明确赋予行政主体以原告资格行政诉讼。并根据行政协议的目的将行政协议分为两大类,其中建立在相对对等关系基础上的行政协议才能被纳入反向行政协议,从而限制反向行政协议诉讼制度的适用范围,防止反向行政协议诉讼制度滥用。同时,规定相应的配套制度,包括举证责任的分配、创新判决类型、完善收费制度,以更好地贴合这项新制度,保证该制度的顺利运行。