RNA-seq筛选与鸡腹脂沉积相关的基因及miRNA

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密集的遗传选择造成肉鸡脂肪沉积,减少不必要的脂肪沉积是优质肉鸡选育过程中一个亟需解决的关键问题。本实验以广西三黄鸡(N409)群体的腹脂组织为研究材料,抽取两尾样的腹脂组织RNA进行m RNA和micro RNA测序分析,得到了大量差异表达的m RNAs和micro RNAs。对这些差异的m RNA和micro RNA靶基因进行GO功能注释和pathway通路分析,发现差异基因和差异mi RNA的靶基因富集在脂质的合成和代谢的相关通路中。此外,我们还通过q PCR技术对其中几个差异表达的m RNA和mi RNA进行了表达水平验证,为进一步研究鸡腹脂沉积的分子调控机制奠定了一定的基础。主要结果如下:(1)m RNA测序结果表明,两尾样腹脂组织中共有1562个差异表达的基因(DEGs),其中上调基因有963个,下调基因有599个。对差异基因进行KEGG分析,发现这些差异基因富集到长链脂肪酸代谢过程、脂代谢过程、脂质合成过程、类固醇代谢过程、脂肪酸生物合成过程、胰岛素信号通路、甘油脂代谢、PPAR信号通路、脂肪细胞因子信号通路、ECM受体相互作用等若干与脂肪代谢相关的通路中。选取脂质代谢通路中的6个候选基因LPIN1、ABHD5、ADORA1、ACBD5、DHCR24和SQLE进行q RT-PCR验证,发现它们的表达趋势与测序结果一致,推测它们可能在鸡腹脂沉积中起着关键的作用。随后对LPIN1和ADORA1进行了细胞水平上的功能验证,发现LPIN1和ADORA1均可抑制ICP细胞的脂滴沉积。(2)通过micro RNA测序,筛选到了684个在高低脂组间差异表达mi RNA(DEMs),其中上调mi RNA有471个,下调mi RNA有213个。选择其中6个micro RNAs gga-mi R-200b-3p、gga-mi R-200a-3p、gga-mi R-449a、gga-mi R-34c-5p、gga-mi R-1618-3p、novel-mi R-267进行q RT-PCR验证,发现它们的表达趋势与测序结果一致,推测它们可能是影响鸡腹脂沉积的关键mi RNA。(3)通过将差异表达mi RNA的靶基因与差异表达基因进行联合分析,筛选可能影响腹脂沉积的mi RNA-m RNA互作对,发现这样的互作对共有289对。对gga-mi R-200b-3p-LPIN1互作对进行双荧光素酶报告实验分析,发现LPIN1与gga-mi R-200b-3p之间存在确切的靶标关系。
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