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目的：
利用人类基因芯片表达谱技术筛选出喉癌细胞中与TrkB调节侵袭转移相关的下游基因，为进一步探索TrkB在喉癌中的病理机制奠定实验基础。
方法：
（1）细胞的分组：本课题组通过前期研究成功获取稳定沉默的Hep-2TrkB shRNA细胞株。将实验细胞分为两组，其中包括实验组：shNTRK2-1、shNTRK2-2、shNTRK2-3和对照组：PLKO1-1、PLKO1-2、PLKO1-3。
（2）利用人类基因表达芯片谱筛选实验组与对照组之间的差异表达基因，以|log2(Ratio)|＞=2和P-value(Differentially expressed)＜0.05为标准挑选出存在显著差异表达的基因。
（3）Real-time PCR验证：随机选取差异基因中上调基因10个和下调基因10个，利用Real-time PCR在实验组和对照组中验证这些差异基因的表达情况，明确差异基因结果是否符合人类基因表达芯片谱筛选结果。
（4）喉癌侵袭转移相关基因的筛选：利用生物信息学技术，通过GO分析对差异表达基因从分子功能、生物学过程、细胞组分三个层面进行功能分类；利用KEGG数据库进行信号通路富集分析。结合GO和KEGG分析结果确定与喉癌侵袭转移相关的基因，并用Real-time PCR法检测相关基因在实验细胞中的表达情况。
（5）喉癌侵袭转移相关最佳基因的确定：通过GO和KEGG分析筛选出候选下游基因，进一步利用TCGA数据库对候选下游基因进行生物信息学分析并选出最有意义的基因，为下一步探讨TrkB在喉癌中的病理机制奠定基础。
结果：
（1）人类基因表达芯片谱筛选出Hep-2TrkB shRNA细胞株显著差异表达基因318个。在差异基因中，87个属于高表达，231个属于低表达。
（2）Real-time PCR检测CHI3L1、COL8A1、DMKN、DNER、FGG、FHL1、FMOD、FOXN4、GGNBP1、HOXB9、IGFBP1、IRF5、ISM1、LINC01133、NPAS4、RGS2、TARP、TNFAIP6、TRPS1、ABCB1在实验细胞中的表达情况。RT-PCR结果中差异基因表达趋势与芯片结果一致，60%基因有统计学意义。同时，基因原始差异值越大，RT-PCR结果差异性越明显。因此，RT-PCR结果证实基因芯片结果可靠，可用于进一步实验。
（3）利用GO和KEGG数据库从多个层面分析差异基因。GO分析结果提示：在生物学过程方面，差异基因主要富集在受体介导的内吞作用、细胞基质粘附、神经元突触可塑性的调节、脊髓发育等生物学过程。在分子功能方面，差异基因主要参与调节氧化还原酶活性、细胞骨架蛋白结合、α-淀粉酶活性等分子功能。在细胞组分方面，差异基因主要富集在质膜、囊泡腔、血小板α颗粒、核周内质网膜、VⅢ型胶原三聚体等分子成分。KEGG分析结果证实：差异基因主要富集在补体和凝血级联、非小细胞肺癌、非酒精性脂肪肝疾病、TRP通道的炎性介质调节、金黄色葡萄球菌感染、碳水化合物的消化吸收、血小板活化、B细胞受体信号通路、AMPK信号通路、PPAR信号通路、VEGF信号通路、Jak-STAT信号通路、HIF-1信号通路、FcγR介导的吞噬作用等信号通路。结合GO和KEGG分析结果，选出HOXB9、FHL1、DNER、FOXN4、COL8A1继续进行实验。经过RT-PCR验证：在实验组与对照组中，上述候选下游基因均呈差异表达，与基因芯片结果一致。
（4）将上述基因进一步于TCGA数据库进行生物信息分析，结果提示：在头颈肿瘤中，COL8A1在调控侵袭转移相关通路上发挥重要作用；DNER主要富集在多种代谢活动相关信号通路；HOXB9主要富集在IL-17及细菌感染相关信号通路；FHL1主要富集在心脏疾病相关通路。COL8A1、DNER在头颈均呈高表达。因此，最终确定COL8A1、DNER作为TrkB的下游基因继续探究其在喉癌中的病理机制。
结论：
（1）利用基因芯片技术成功筛选出在Hep-2细胞株中TrkB表观遗传修饰的差异基因，提示TrkB可能通过介导下游基因的表达，进而在喉癌侵袭转移中发挥重要作用。
（2）利用生物信息学技术成功筛选出HOXB9、FHL1、DNER、FOXN4、COL8A1五个与喉癌侵袭转移相关的下游基因，通过TCGA数据库分析后最终确定COL8A1、DNER作为最佳靶基因，为探讨TrkB在喉癌中的机理提供线索。
利用人类基因芯片表达谱技术筛选出喉癌细胞中与TrkB调节侵袭转移相关的下游基因，为进一步探索TrkB在喉癌中的病理机制奠定实验基础。
方法：
（1）细胞的分组：本课题组通过前期研究成功获取稳定沉默的Hep-2TrkB shRNA细胞株。将实验细胞分为两组，其中包括实验组：shNTRK2-1、shNTRK2-2、shNTRK2-3和对照组：PLKO1-1、PLKO1-2、PLKO1-3。
（2）利用人类基因表达芯片谱筛选实验组与对照组之间的差异表达基因，以|log2(Ratio)|＞=2和P-value(Differentially expressed)＜0.05为标准挑选出存在显著差异表达的基因。
（3）Real-time PCR验证：随机选取差异基因中上调基因10个和下调基因10个，利用Real-time PCR在实验组和对照组中验证这些差异基因的表达情况，明确差异基因结果是否符合人类基因表达芯片谱筛选结果。
（4）喉癌侵袭转移相关基因的筛选：利用生物信息学技术，通过GO分析对差异表达基因从分子功能、生物学过程、细胞组分三个层面进行功能分类；利用KEGG数据库进行信号通路富集分析。结合GO和KEGG分析结果确定与喉癌侵袭转移相关的基因，并用Real-time PCR法检测相关基因在实验细胞中的表达情况。
（5）喉癌侵袭转移相关最佳基因的确定：通过GO和KEGG分析筛选出候选下游基因，进一步利用TCGA数据库对候选下游基因进行生物信息学分析并选出最有意义的基因，为下一步探讨TrkB在喉癌中的病理机制奠定基础。
结果：
（1）人类基因表达芯片谱筛选出Hep-2TrkB shRNA细胞株显著差异表达基因318个。在差异基因中，87个属于高表达，231个属于低表达。
（2）Real-time PCR检测CHI3L1、COL8A1、DMKN、DNER、FGG、FHL1、FMOD、FOXN4、GGNBP1、HOXB9、IGFBP1、IRF5、ISM1、LINC01133、NPAS4、RGS2、TARP、TNFAIP6、TRPS1、ABCB1在实验细胞中的表达情况。RT-PCR结果中差异基因表达趋势与芯片结果一致，60%基因有统计学意义。同时，基因原始差异值越大，RT-PCR结果差异性越明显。因此，RT-PCR结果证实基因芯片结果可靠，可用于进一步实验。
（3）利用GO和KEGG数据库从多个层面分析差异基因。GO分析结果提示：在生物学过程方面，差异基因主要富集在受体介导的内吞作用、细胞基质粘附、神经元突触可塑性的调节、脊髓发育等生物学过程。在分子功能方面，差异基因主要参与调节氧化还原酶活性、细胞骨架蛋白结合、α-淀粉酶活性等分子功能。在细胞组分方面，差异基因主要富集在质膜、囊泡腔、血小板α颗粒、核周内质网膜、VⅢ型胶原三聚体等分子成分。KEGG分析结果证实：差异基因主要富集在补体和凝血级联、非小细胞肺癌、非酒精性脂肪肝疾病、TRP通道的炎性介质调节、金黄色葡萄球菌感染、碳水化合物的消化吸收、血小板活化、B细胞受体信号通路、AMPK信号通路、PPAR信号通路、VEGF信号通路、Jak-STAT信号通路、HIF-1信号通路、FcγR介导的吞噬作用等信号通路。结合GO和KEGG分析结果，选出HOXB9、FHL1、DNER、FOXN4、COL8A1继续进行实验。经过RT-PCR验证：在实验组与对照组中，上述候选下游基因均呈差异表达，与基因芯片结果一致。
（4）将上述基因进一步于TCGA数据库进行生物信息分析，结果提示：在头颈肿瘤中，COL8A1在调控侵袭转移相关通路上发挥重要作用；DNER主要富集在多种代谢活动相关信号通路；HOXB9主要富集在IL-17及细菌感染相关信号通路；FHL1主要富集在心脏疾病相关通路。COL8A1、DNER在头颈均呈高表达。因此，最终确定COL8A1、DNER作为TrkB的下游基因继续探究其在喉癌中的病理机制。
结论：
（1）利用基因芯片技术成功筛选出在Hep-2细胞株中TrkB表观遗传修饰的差异基因，提示TrkB可能通过介导下游基因的表达，进而在喉癌侵袭转移中发挥重要作用。
（2）利用生物信息学技术成功筛选出HOXB9、FHL1、DNER、FOXN4、COL8A1五个与喉癌侵袭转移相关的下游基因，通过TCGA数据库分析后最终确定COL8A1、DNER作为最佳靶基因，为探讨TrkB在喉癌中的机理提供线索。