基于生物信息学的弥漫型胃癌肿瘤标志物预测研究

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背景和目的胃癌是消化系统常见的恶性肿瘤之一,全球范围内,胃癌的发病率和死亡率都居高不下。我国是胃癌的高发国家,据2015年中国癌症统计数据,胃癌的发病率和死亡率均排在所有恶性肿瘤的第二位,由于人口基数大,我国的发病和死亡人数约占全球总数的50%。目前胃癌尚缺乏早期诊断标志物,大多数患者往往出现明显临床症状时才就医,此时疾病已经处于局部进展期或晚期,即使在接受手术R0切除后,仍有较高的复发率,预后生存率不容乐观。不同分化程度的胃癌肿瘤细胞,其生长速度、侵袭转移能力有着明显的差异。根据胃癌Lauren分型的描述,弥漫型胃癌肿瘤细胞的分化较差,远处转移和淋巴结转移的概率较高,临床预后较差。本研究的目的是利用生物信息学方法探索能够预测弥漫型胃癌预后的特异基因,为胃癌的临床诊治工作提供了一个新的思路。方法从GEO数据库中下载GSE65524数据集,通过R软件的“limma”、“survival”包完成差异表达基因筛选并绘制火山图;使用DAVID软件对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析;通过生物信息学工具STRING构建差异表达基因的蛋白质相互作用网络,并使用可视化表达工具Cytoscape筛选关键基因;筛选40例经术后病理证实的初诊胃癌患者的临床资料,运用免疫组化法检测术后石蜡包埋样本的关键基因蛋白表达情况;提取组织标本的总RNA,应用实时荧光定量PCR分别检测关键基因在弥漫型胃癌组和肠型胃癌组的表达,分析同一基因的相对表达量在不同组别之间的差异;最后使用Kaplan-Meier plotter数据库分析关键基因在弥漫型胃癌中的预后关系。结果GSE62254经处理筛选后共发现355个与预后相关的差异表达基因,其中弥漫型胃癌基因293个,肠型胃癌基因62个。GO分析显示弥漫型胃癌基因主要参与细胞粘附生物学过程,集中在细胞外小体,分子功能主要是与钙离子结合,而肠型胃癌基因主要参与细胞分裂生物学过程,集中在细胞核,分子功能则是参与蛋白结合。KEGG通路分析显示弥漫型胃癌基因主要参与cGMP-PKG信号通路,而肠型胃癌基因主要参与细胞周期通路。基于弥漫型胃癌差异表达基因构建的蛋白质互作网络分析发现AGT、CXCL12和ADRB2可能为诱导弥漫型胃癌发生发展的关键基因。免疫组化分析和实时荧光定量PCR提示,和肠型胃癌相比,AGT、CXCL12和ADRB2在弥漫型胃癌的高表达,且P<0.05。Kaplan Meier生存分析也表明AGT、CXCL12和ADRB2的高表达与弥漫型胃癌患者的总体生存率相关,提示这些基因在弥漫型胃癌的发生发展中具有重要的研究价值。结论在本研究中,我们发现AGT、CXCL12和ADRB2的相关表达可能与弥漫型胃癌的发生发展有关,并可能作为弥漫型胃癌的生物标志物或治疗靶点。
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