Ptgs2基因敲除对HSCs基因表达谱的影响

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目的探讨Ptgs2基因敲除对肝星状细胞(HSCs)基因表达谱的影响。方法1.应用CRISPR/Cas9技术,构建稳定的Ptgs2基因敲除的HSC-T6细胞模型,实验分为两组:(1)阴性对照组(NC组),阴性对照病毒SgRNA-CON244感染HSC-T6细胞组。(2)LV-Ptgs2-sgRNA组(KO组),LV-Ptgs2-sgRNA慢病毒感染HSC-T6细胞组。2.利用Western Blot方法检测KO组和NC组中Ptgs2蛋白的表达变化。3.应用Affmetrix基因表达谱芯片进行分析,Trizol法提取HSC细胞中的总RNA并对RNA进行荧光标记、芯片杂交、洗片后,应用GenePix40OOB扫描仪获取荧光信号图像,对原始图像分析处理后筛选出差异表达基因。4.将差异基因导入IPA(Ingenuity Pathway Analysis)系统进行生物信息分析,寻找与Ptgs2基因相关的经典通路、疾病和功能及其上下游基因。结果1.成功构建稳定的Ptgs2基因敲除的HSC-T6细胞,经检测Ptgs2基因的蛋白质表达水平显著下调。2.应用基因表达谱芯片技术筛选出差异基因共计3152个,其中上调差异基因有1574个,下调差异表达基因有1578个。3.通过IPA系统对差异表达基因进行信号通路富集分析,结果发现显著差异表达基因主要涉及的信号通路有胆固醇合成途径、硫酸软骨素的降解、血管紧张素信号通路、胆碱生物合成、TNFR1信号通路、氧化磷酸化和维生素C的抗氧化作用等。疾病和功能分析显示发病率和死亡率被显著抑制。初步推测Cby1,Dhcr7,Txnip,Krt14,MAPK1,MYC,GTPBP4等关键基因可能是肝纤维化的诊断和治疗靶点。结论1.在敲除Ptgs2后的HSCs细胞中,存在大量差异表达基因,其中有1574个上调基因和1578个下调基因。2.通过IPA分析初步推测Cby1,Dhcr7,Txnip,Krt14,MAPK1,MYC,GTPBP4等关键基因可能是肝纤维化的诊断和治疗靶点,具体调控机制有待进一步研究。
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