小麦粒重相关性状QTL定位及候选基因Tasg-D2的初步验证

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小麦作为世界上三大粮食作物之一,高产、优质是重要的育种目标。粒重相关性状(包括粒长、粒宽等)的QTL定位、候选基因的鉴定,以及基于优异等位变异开发的功能标记可加快分子育种的进程。本研究通过RIL群体后代剩余杂合系的筛选,成功构建了一个RHL78衍生的作图群体,即HIF78分离群体,并对该群体粒重相关性状进行QTL分析,结合转录组测序结果,对主效QTL区域的候选基因进行初步验证,主要研究结果如下:1.通过对HIF78群体共354个株系进行粒重相关性状的鉴定与分析,粒重与粒形存在显著正相关,且控制性状变异的基因具有多效性;利用863对SSR标记、194个SNP标记对HIF78群体进行基因型分析,共筛选到1个SSR标记和7个SNP标记用于遗传图谱的构建。2.采用完备区间作图法在3DS染色体上共检测到8个有效QTLs(LOD>2.5):QGL.nwafu.3D.1,QGL.nwafu.3D.2,QGP.nwafu.3D,QPH.nwafu.3D,QGLW.nwafu.3D,QSL.nwafu.3D,QGA.nwafu.3D,QTGW.nwafu.3D,分别解释32.11%、32.15%、54.86%、56.66%、40.73%、36.87%、36.27%和18.89%的表型变异。这些QTLs定位于同一遗传区域,侧翼标记为Marker6和Marker10且覆盖3.8 Mb的物理区间,该位点是1个多效性的QTL,可同时影响粒形、株型等多个农艺性状。3.通过对RHL78纯合系(RHL78_L vs RHL78_S)进行转录组测序,目标QTL区间内有28个高可信度的基因,均无显著性差异表达;在序列变异上有且仅有1个稳定的SNP等位变异(C>G)位于基因Traes CS3D02G137200的第9个外显子上,将该基因命名为Tasg-D2。通过对品冬34和Warran中Tasg-D2序列验证,进一步证明了C>G等位变异的准确性,该SNP导致了Tasg-D2编码的TREE结构域中的氨基酸发生替换,从精氨酸到甘氨酸,这可能是HIF78群体性状分离的关键变异;此外,对Tasg-D2及其同源基因在亲本及RHL78纯合系中的组织特异表达进行q PCR验证,结果表明TasgD2在亲本幼穗中表达最高,3个同源基因在RHL78纯合系间均无显著差异表达,进一步验证了转录组结果的可靠性。4.利用d CAPS标记对HIF78群体进行基因型分析,Tasg-D2-C单倍型占比274/354,而Tasg-D2-G单倍型占比80/354,两种单倍型分型结果比例接近3:1,且与籽粒长宽比的表型几乎共分离。整体而言,Tasg-D2-C相较于Tasg-D2-G千粒重显著升高、粒长显著增加、粒宽增加、长宽比显著增加、籽粒周长显著增加、籽粒面积显著增加、株高显著升高、穗长显著增加,进一步说明了该基因的多效性。因此,基于该位点明显的产量潜力,其功能标记的开发可为小麦分子标记辅助选择提供新的选择,助力未来高产小麦品种的选育和改良。
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