本研究通过对鸡传染性支气管炎病毒（IBV）基因序列的分析，设计保守引物，同时结合RACE5端测序的方法，对IBV的一分离株JH06011进行全基因组测序。JH06011全长基因组为27，651bp，GC含量38.2％，具有典型的IBV病毒基因编码特征5-1a-1b-S(S1，S2)-3a，3b，3c(E)-M-5a，5b-N-Poly(A)-3，编码6个不同基因。通过基因组序列分析，发现JH06011与四川株SAIBK与SC021202株的同源性较高，分别是94.6％和92.7％，与疫苗株H52、H120的同源性均为89.4％。点突变广泛分布于结构蛋白和部分非结构蛋白基因的序列中，而插入、缺失主要发生在基因1 nsp3区、S基因的高变区(HVR)。此外，本研究还从山东潍坊某鸡场产蛋鸡卵巢组织中分离到一株IBV变异株，命名为WF2011，通过设计保守引物扩增获得基因2～基因6的基因组序列。同源性比较和系统进化分析发现，WF2011与常见的参考毒株的同源性普遍较低，S1基因的同源性在61.8％到86.0％之间，且与LX4、SAIBK和Mass类型的毒株存在较大的遗传距离。因此，认为WF2011是一株在分子水平上变异程度比较大的IBV变异株。　　 本研究还对同一时期从浙江金华地区分离到的两毒株JH06011和JH06111致病性进行比较研究，发现JH06011感染1日龄和7日龄的雏鸡死亡率为100％，而JH06111对这两个日龄段的雏鸡不致死。JH06011感染的鸡肾组织中肾小管上皮细胞变性、排列松散，而JH06111感染的鸡肾组织病变较轻微。对感染鸡肾组织的病毒核酸进行RT-PCR检测发现JH06011 S1基因和M基因的检出为100％，而JH06111的检出率分别为71.4％和85.7％，以上结果表明JH06011的致病性比JH06111强。这两毒株感染鸡的临床表现、病理变化、组织中病毒载量存在一定的差异。　　 进一步将JH06011和JH06111两毒株的基因组序列进行比较分析。两毒株的基因组同源性为91.7％，S、M、N基因、3a、3b、E、5a和5b蛋白的的同源性分别为92.5％、89.4％、89.2％、70.2％、68.1％、80％、87.7％和93.9％，其中3a、3b蛋白序列差异较大。两毒株预测的S1蛋白糖基化位点和信号肽、M蛋白跨膜区序列和糖基化位点以及N蛋白的磷酸化位点均有差别。基因水平上的差异是否是两毒株致病性差异的原因有待进一步研究。