成熟T和NK细胞淋巴瘤中人源及EB病毒源性miRNA表达谱特征的整合分析

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[目的]通过对成熟T和NK细胞淋巴瘤中的人源miRNA(hsa-miRNA)及EB病毒源性miRNA(EBV-miRNA)表达谱进行检测,揭示EBV-miRNA在不同类型成熟T和NK细胞淋巴瘤中的表达差异,及其对hsa-miRNA表达模式的影响;探索EBV-miRNA和hsa-miRNA联合调节成熟T和NK细胞淋巴瘤中的靶基因和信号传导途径,以及EBV对患者预后的影响,为阐明EBV在T和NK细胞淋巴瘤中的作用机制及未来的靶向治疗提供理论基础和依据。[方法]使用 Agilent Human miRNA Microarray Kit(V3),8x15K 芯片对 175 例成熟 T 和NK 细胞淋巴瘤(Mature T and NK cell lymphoma)样本中的 EBV-miRNA 和 hsa-miRNA表达谱进行检测;主要利用R平台对miRNA表达谱进行分析:采用“AgiMicorRna”包,完成miRNA表达数据的汇总和标准化;主成分分析利用“stats”包完成;t-SNE降维采用“Rtsne”包;“pheatmap”用于非监督聚类和热图绘制;筛选获得预后相关miRNA采用“survival”包构建Cox风险回归模型和生存分析;使用“miRNAtap”包获得 miRNA 调控靶基因。借助 DAVID Bioinformatics Resources 6.8(https://david.ncifcrf.gov/)完成基因功能富集计算。利用实时荧光定量PCR(Real-time fluorescence quantitative PCR,RT-PCR)技术对预后相关 miRNA 进行验证,并对候选miRNA表达改变对淋巴瘤细胞系NK92MI表型的影响进行探索。[结果]1.175例成熟T和NK细胞淋巴瘤样品中共检出255个hsa-miRNA和26个EBV-miRNA。2.根据EBV-miRNA表达模式的不同,所有病例可分为EBV-miRNA高表达、EBV-miRNA中表达及EBV-miRNA低表达三组,且三组之间的预后有显著差异(Log-rank test,P<0.05)。结合临床信息发现,EBV-miRNA高表达组主要以结外NK/T 细胞淋巴瘤(extranodal NK/Tcell lymphoma,ENKTCL)为主,EBV-miRNA中表达组以EBER+的非ENKTCL为主,而EBV-miRNA低表达组以EBER-的非ENKTCL为主。依EBV-miRNA相对表达量的分组,是除ENKTCL以外的成熟T和NK细胞淋巴瘤的一个预后相关因素,且EBV-miRNA低表达组的预后显著好于EBV-miRNA 中表达组(Log-rank test,P<0.05);3.寻找EBV-miRNA中表达组和EBV-miRNA低表达组两组间的差异hsa-miRNA,发现EBV-miRNA中表达组里显著高表达hsa-miRNA 11个,显著低表达hsa-miRNA 61个。4.通过靶基因预测,Gene Ontology注释及KEGG Pathway分析结果显示,EBV-miRNA中表达组里显著高表达的hsa-miRNA主要靶向MAPK信号通路、ErbB信号通路、Wnt信号通路及Focal adhesion信号通路,而低表达的hsa-miRNA主要靶向Axon guidance及VEGF信号通路,这些通路可能参与EBV相关T和NK细胞淋巴瘤的发生。5.在ENKTCL中,经筛选发现miR-210及hsa-let-7g高表达患者预后较好,RT-PCR的验证结果也证实了 miR-210,hsa-let-7g与患者预后之间的相关性。6.在ENKTCL细胞系NK92MI中,将miR-210及hsa-let-7g模拟剂染入细胞后,细胞的增殖能力下降,提示miR-210及hsa-let-7g高表达可以抑制NK92MI细胞的增殖。[结论]1.EBV-miRNA表达模式的不同反映了成熟T和NK细胞淋巴瘤不同的发生发展机制,且与除ENKTCL以外的成熟T和NK细胞淋巴瘤患者的临床预后显著相关;2.miR-210及hsa-let-7g的高表达与ENKTCL患者预后较好相关;且在功能上,这两个miRNA的过表达均可抑制ENKTCL细胞株的增殖。
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