鸭乙型肝炎病毒（Duck hepatitis B virus,DHBV）是在鸭群中的一种常见病毒,1980年于北京鸭血清中首次被发现。在随后的几年里,德国、南非、澳大利亚、印度和其他地区也都有该病毒的相关报道,证明DHBV在世界范围内的流行。当前,中国四川、湖北、上海、重庆、广东等地区都有对DHBV的流行进行系统地报告,但安徽省对于DHBV的流行状况和进化上的状态知之甚少。为了解安徽地区鸭群乙型肝炎病毒自然感染情况及基因结构特征,本研究从安徽合肥、安庆、蚌埠三地采集120份鸭肝脏组织样品。利用特异性引物共检出28份DHBV,对其中5份验证DHBV阳性样本准确性后扩增其完整基因组序列,克隆并测序,进行遗传进化分析和生物信息学分析。结果表明,5株DHBV的核苷酸相似性为94.5～96.3%,与Gen Bank中其他参考株的核苷酸相似性为93.2～97.9%。通过遗传进化树分析,5株DHBV均属于“中国”分离株。其次,通过RDP5.0软件预测了34株DHBV存在3个潜在种内重组事件,且多在ORF-Pre C/C区域。对DHBV C蛋白进行生物学预测分析,结果表明,该蛋白属于亲水性稳定性蛋白,并无信号肽和跨膜区域,具有44个磷酸化位点。选择压力分析上,发现C蛋白上有两个阳性选择位点与B细胞抗原表位重合。本研究对DHBV ORF-PreC/C和DHAV-1（Duck hepatitis A virus 1）VP0保守区设计特异性引物,通过优化反应条件和体系建立了基于双重SYBR Green I的实时荧光定量PCR（Real-time fluorescent quantitative PCR,RT-q PCR）检测方法。灵敏度实验中,DHBV最低检测限8.5×10~1copies/μL,DHAV-1最低检测限2.8×10~1copies/μL,均与普通PCR最低检测限相差100倍。特异性实验中,本研究建立的方法与其他鸭病毒不发生交叉反应。方法显示良好的重复性,变异系数均在5%以下,可靠性高。临床样本检测上,q PCR方法也明显高于普通PCR方法。该方法具有灵敏度高、特异性强和快速准确等优点。综上所述,本研究成功扩增了5株安徽地区DHBV并进行了遗传进化分析,同时建立了一种基于SYBR Green I的双重RT-q PCR检测方法。丰富了DHBV的遗传进化数据,进一步了解了DHBV的遗传特点和分子特征,为DHBV的遗传进化信息提供了参考,也为DHBV和DHAV-1的临床诊断和流行病学调查提供有效工具。