大豆种皮色素是天然色素安全无毒,不仅有着色功能,还具有非常重要的保健作用,是最有效的抗氧化剂之一,对人体健康起着重要的作用。为了明确色素在群体中的遗传变异规律,为培育优质大豆提供理论依据并且挖掘稳定存在的QTL位点,明确种皮色素的遗传机理奠定基础。本研究对192份自然群体材料的种皮色素及其组分进行了关联分析。具体研究结果如下:（1）从群体大豆不同色素含量我们发现花色苷的变异系数最大,其次为原花青素和叶绿素含量,总黄酮和类胡萝卜素的变异相对较小。比较不同类型大豆的色素含量发现,所有色素含量的变异系数均为栽培大豆最大,其次是半野生大豆,野生大豆的变异系数最小,表明栽培大豆虽然色素含量较低,但改良潜力较大。对它们进行相关性研究发现各色素之间均呈极显著正相关关系。对种皮色素进行聚类分析后发现第三类群中各色素含量最高,对色素含量进行GLM和MLM模型的关联分析,筛选出7个候选区域,发现与色素有关基因有6个。（2）对自然群体大豆种皮色差发现红绿值a*的变异系数最大,主要是由于红绿值在大豆之间数值差异变化最大,从趋势来看基本符合正态分布。比较不同类型的色差值发现L*的栽培大豆变异系数最高,说明栽培大豆亮度高于野生大豆和半野生大豆。我们对种皮色素和色差进行相关性分析发现种皮色差和五种色素呈显著负相关,故种皮颜色越深,色素含量越高。对色差进行GLM和MLM模型的关联分析,筛选出8个候选区域,发现与色素有关基因有9个。（3）对大豆种皮花色苷组分含量进行比较发现,矢车菊素-3-O-葡萄糖苷在群体内占据含量最多,飞燕草素-3-O-葡萄糖苷和矮牵牛素葡萄糖苷野生大豆的均值最大,其次是半野生大豆,矢车菊素-3-O-葡萄糖苷半野生大豆的均值最大,而且均值大的群体表明总体水平高,也就是说野生大豆和半野生大豆中花色苷组分含量高于栽培大豆。野生大豆为黑色豆子,所以黑色大豆种皮中花色苷含量高于其他颜色大豆。对花色苷含量和花色苷组分含量进行了相关性分析发现呈极显著正相关,可以发现花色苷含量越高,其组分含量也越高。根据系统聚类发现第三类中的8个大豆矢车菊素-3-O-葡萄糖苷的含量最高。对花色苷组分进行GLM和MLM模型的关联分析,筛选出5个候选区域,发现与色素有关基因有8个。（4）根据群体大豆异黄酮表现可知,大豆苷、染料木苷、黄豆黄苷含量最高,各组分的偏度和峰度绝对值都小于2,是数量性状的典型分布。从不同类型大豆的异黄酮组分含量来看,大豆苷、大豆苷元、黄豆黄素和染料木素含量的最大值存在于栽培大豆中,染料木苷含量的最大值存在于野生大豆中,黄豆黄苷含量的最大值存在于半野生大豆中,而且它的均值上述变化相同。对异黄酮组分进行GLM和MLM模型的关联分析,筛选出10个候选区域,发现与色素有关基因有1个。