通过对重庆市及全国参照地区高校R&D资源数据的收集整理，从投入产出角度提出了高校R&D评价指标体系的优化方案，并由此建立投入产出统计模型，从回归分析中预测了重庆市以后三年的发展状况，并同国内参照地区从投入的经费支出和人力资源以及产出率等方面进行比较，得出如下统计结论：重庆市高校R&D经费投入基数较低，增长幅度远远低于其它省市；高校R&D人力资源由于基数低，直辖后增长较快；产出效率同全国平均水平基本相当，对全国的科研成果的贡献率高于全国的平均水平。其中，科研经费的严重不足是重庆市高校R&D面临的最大瓶颈。 作为区域创新系统中“知识创新体系”的执行主体，高校R&D具有基础的源头作用。本文从两个系统层面分析并提出了通过区域创新实现跨越式发展的对策。 ①高校R&D子系统：建立多元化投入体系，增加高校R&D经费投入；培养高校R&D人才，提高科研人员创新素质；改善高校R&D环境，提高R&D的产出效率。 ②重庆区域创新系统：重视高校R&D子系统在区域创新系统中的基础作用，政府建立并健全促进区域创新的政策及机制；加强同企业，政府，中介机构的紧密联系，使知识创新，技术创新，制度创新相互结合，发挥协同作用。