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目的:研究证据表明,长链非编码RNAs(long noncoding RNAs,lnc RNAs)在肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)中发挥着重要作用。本研究旨在探索一个新的lnc RNA,LINC01146在肝细胞癌中的表达水平、临床意义及其生物学功能。同时,利用生物信息学方法预测LINC01146在HCC中的潜在分子机制。方法:1.第一部分首先通过lnc RNA芯片、肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库和基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库初步探索LINC01146在HCC组织中的表达水平。采用R语言的edge R包对lnc RNA芯片测序数据进行差异表达lnc RNAs分析。采用完全随机设计t检验探索TCGA数据库中LINC01146在HCC组织中的表达水平。采用Kaplan-Meier生存分析探索TCGA数据库中LINC01146与HCC患者预后之间的关系。采用随机效应模型对纳入研究的GEO数据集进行Meta分析。随后,采用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,q RT-PCR)验证LINC01146在HCC中的表达水平。采用配对t检验对比LINC01146在HCC组织和癌旁正常组织中的表达水平。采用X~2检验探索LINC01146表达水平与HCC患者临床病理特征之间的关系。采用Kaplan-Meier生存分析探索LINC01146与HCC患者预后的影响。采用Cox比例风险回归模型探索HCC患者预后的独立影响因素。2.第二部分开展体外细胞实验和体内动物实验。首先构建稳定过表达和敲低LINC01146的肝癌细胞株,然后在体外水平通过CCK-8法、平板克隆形成实验探索过表达或敲低LINC01146对HCC细胞增殖的影响;通过Transwell小室探索过表达或敲低LINC01146对HCC细胞迁移和侵袭的影响;通过流式细胞术探索过表达或敲低LINC01146对HCC细胞周期和凋亡的影响。随后,构建裸鼠成瘤模型在体内水平探索过表达或敲低LINC01146对HCC细胞增殖的影响。采用苏木精-伊红(hematoxylin-eosin staining,HE)染色法探索HCC细胞组织形态学变化。采用免疫组织化学(immunocytochemistry,IHC)染色法对比敲低组和对照组中Ki-67表达水平的差异。3.此外,通过生物信息学方法探索LINC01146在HCC中的潜在分子机制。使用GEPIA、MEM、TANRIC在线网站预测LINC01146的共表达基因。使用Web Gestalt网站进行基因本体论(Gene Ontology,GO)功能注释;使用KOBAS 3.0网站进行京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。使用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI)。采用t检验和Pearson相关分析探索核心基因在HCC中的表达水平以及核心基因与LINC01146的相关性。结果:1.LINC01146在HCC组织中表达下调:高通量lnc RNA芯片表达谱分析(GSE93789)结果显示LINC01146在HCC中表达下调(FC=3.92,P=6.93E-4,FDR=0.027)。TCGA数据库同样发现LINC01146在HCC组织中表达下调(t=-6.76,P<0.001)。生存分析结果显示LINC01146表达水平与HCC患者的5年总生存率相关(X~2=4.70,P=0.030,N=330)。GEO数据集Meta分析结果同样显示LINC01146在HCC组织中表达下调(SMD=-0.97,95%CI[-1.33,-0.60],Z=-5.15,P<0.001)。此外,该Meta分析无发表偏倚(P=0.656)。人群HCC组织样本q RT-PCR结果显示,LINC01146在HCC组织中表达下降(t=-7.44,P<0.001)。此外,LINC01146的表达水平与肿瘤大小(X~2=8.02,P=0.005)、肿瘤数目(X~2=5.44,P=0.020)、微血管侵犯(X~2=4.55,P=0.033)、卫星结节(X~2=7.31,P=0.007)、HBV的DNA含量(X~2=5.57,P=0.018)、BCLC分级(X~2=9.19,P=0.010)有关。Kaplan-Meier分析结果显示,低表达LINC01146与HCC患者的不良预后有关(X~2=16.58,P<0.001,N=85)。Cox回归模型结果显示,高表达LINC01146可能是HCC患者预后的独立保护因素(HR=0.38,95%CI[0.16,0.92],P=0.033)。2.成功构建过表达LINC01146的HCC细胞株(MHCC97H:t=109.80,P<0.001;Huh7:t=21.93,P<0.001)。CCK-8实验结果显示,过表达LINC01146抑制HCC细胞的增殖(MHCC97H:F=65.79,P<0.001;Huh7:F=532.10,P<0.001)。平板克隆形成实验结果显示,过表达LINC01146抑制HCC细胞的增殖(MHCC97H:t=-18.80,P=0.003;Huh7:t=-29.26,P=0.001)。细胞周期实验结果显示,过表达LINC01146抑制Huh7细胞的周期进程(G1期:t=16.47,P<0.001;S期:t=-14.02,P<0.001)。细胞凋亡实验结果显示,过表达LINC01146促进HCC细胞的凋亡(Huh7:t=20.01,P<0.001)。Transwell实验结果显示,过表达LINC01146抑制HCC细胞的迁移(MHCC97H:t=-15.65,P<0.001;Huh7:t=-18.32,P<0.001)和侵袭能力(MHCC97H:t=-20.64,P<0.001;Huh7:t=-26.75,P<0.001)。此外,成功构建敲低LINC01146的肝癌细胞株(Huh7:t=-22.28,P<0.001;Hep3B:t=-22.98,P<0.001)。CCK-8实验结果显示,敲低LINC01146促进HCC细胞的增殖(Huh7:F=80.86,P<0.001;Hep3B:F=155.60,P<0.001)。平板克隆形成实验结果显示,敲低LINC01146促进HCC细胞的克隆形成能力(Huh7:t=51.40,P<0.001;Hep3B:t=36.89,P=0.001)。细胞周期实验结果显示,敲低LINC01146促进Huh7细胞周期进程(G1期:t=-25.16,P<0.001;S期:t=14.63,P<0.001)。细胞凋亡结果显示,敲低LINC01146抑制HCC细胞的凋亡(Huh7:t=-29.74,P<0.001)。Transwell实验结果显示,敲低LINC01146促进HCC细胞的迁移(Huh7:t=18.35,P<0.001;Hep3B:t=13.27,P=0.006)和侵袭(Huh7:t=9.33,P=0.001;Hep3B:t=13.33,P<0.001)。3.裸鼠成瘤实验结果显示,过表达LINC01146降低肿瘤的体积(F=63.11,P<0.001)和质量(t=-4.60,P=0.001)。相反,敲低LINC01146增加肿瘤的体积(F=89.06,P<0.001)和质量(t=4.82,P=0.001)。HE结果显示,敲低LINC01146组肿瘤细胞形态不规则,细胞核异型性明显。IHC结果显示,敲低LINC01146组Ki-67蛋白的阳性表达升高(t=17.05,P<0.001)。4.通路富集分析结果显示:LINC01146的共表达基因主要富集在“代谢通路”、“补体和凝血级联”等通路。同时,PPI网络共发现12个与LINC01146相关的核心基因(FETUB、TTR、LPA、ALDH8A1、SERPINA4、AGXT、APOH、SERPINF2、F13B、ORM2、KNG1、F11),这些基因在HCC组织中的表达水平均显著下调(P<0.05),并且均与LINC01146具有相关性(P<0.05)。结论:LINC01146在HCC癌组织中低表达,且低表达的LINC01146与HCC患者不良预后相关。体外水平,过表达LINC01146抑制HCC细胞的增殖、迁移和侵袭,促进HCC细胞的凋亡。相反,敲低LINC01146促进HCC细胞的增殖、迁移和侵袭,抑制HCC细胞的凋亡。体内水平,过表达LINC01146抑制HCC细胞在裸鼠体内的增殖,而敲低LINC01146促进HCC细胞在裸鼠体内的增殖。此外,LINC01146可能通过调节HCC的“代谢通路”、“补体和凝血级联”通路影响HCC的进程。