中药指纹图谱是指中药原药材,饮片,半成品,成品等供试品经适当处理后,采用一定的分析手段,得到的能够标示其特性的共有峰的图谱。其特征是整体性和模糊性。以同样定量取样、定量操作得到的样品药材图谱,与共有峰指纹图谱相比较达到鉴别真伪和判断中成药批次间质量是否统一的目的。中药指纹图谱已成为国际上公认的控制中药或天然药物质量的评价模式。中药指纹图谱包括中药化学指纹图谱和中药生物指纹图谱。其中,DNA指纹图谱作为中药生物指纹图谱的一种,已经成为对中药进行分子遗传标记鉴定的首选方法。山茱萸为常用中药之一,系山茱萸科植物山茱萸Comus officinalissieb.et Zucc.的干燥成熟果肉,具有补益肝肾,涩精固脱的功效,也是六味地黄丸的主药。经文献[1]报道,中国药典和部颁标准收载的含山茱萸药材的中药复方制剂共计70余种,山茱萸药材的质量直接影响到药效发挥,故有必要对山茱萸的质量进行监控。本实验鉴于山茱萸药材的重要性和DNA指纹图谱的国际认可度,以随机扩增多态性DNA标记(random amplified polymorphic DNA,RAPD)技术为研究手段构建山茱萸DNA指纹图谱。　　 本研究通过文献查找山茱萸不同果型和产地,优化采集和处理山茱萸果实的条件。采用改良CTAB法提取其基因组DNA,测定纯度。三因素三水平[L9(33)]正交试验设计优化RAPD反应体系和反应程序,然后用三个单株的山茱萸种质筛选100个随机引物,其中重复性好,多态性丰富的随机引物进行全部样品的RAPD扩增,琼脂糖凝胶电泳检测。Phoretix1D软件进行图谱转化,定性和定量测定,形成进化树,最终构建山茱萸DNA指纹图谱。采集山茱萸邻近科植物,分别为山茱萸科毛株,伞形科白芷和野胡萝卜,五加科常春藤作对照,与山茱萸不同品种形成进化树,测量遗传距离,检验DNA指纹图谱构建过程。结果显示,在25μL的RAPD反应体系中各因素的最佳浓度分别为1.925 mmol/L Mg2+0.275 mmol/L dNTPs、0.55μ mol/L引物,DNA模板40 ng和1 U TaqDNA聚合酶:由于引物Tm不同,最佳退火温度分别为35℃,38℃。在最优反应条件下,对100种随机引物进行RAPD扩增,其中93种随机引物均扩增出条带。引物I1,I2,G4,G1,FA,E3,E2,A2,I2,H4,13,T3和T2可将14种山茱萸种质鉴别开。遗传距离和进化树结果显示:白芷(B),常春藤(C),野胡萝卜(YH)与山茱萸遗传距离远;郑州产山茱萸SZ(椭圆形)和SM(纺锤型)聚在一起;济源产山茱萸CY-J(长圆柱),T-J(椭圆),F-J(纺锤形),T-J’(椭圆形)聚在一起,其中,CY-J(长圆柱)和T-J(椭圆)聚在一起,F-J(纺锤形)和T-J’(椭圆形)聚在一起;CY和DY(南阳产长圆柱和短圆柱)遗传距离较近。进化树表明RAPD适用于科属的划分,山茱萸的遗传距离和产地呈强烈的正相关,椭圆果型存在内部变异,相近的果型可能遗传距离近。隶属不同科植物相似度低,充分验证DNA指纹图谱构建过程的准确性。