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为了解苗岭山区斑鳜(Siniperca scherzeri)种质资源现状,本研究基于形态学方法、线粒体DNA Cytb基因和COI基因以及核DNA ITS-1基因标记技术,对苗岭山区南部柳江水系的都柳江和樟江以及北部沅江水系的松桃河、锦江、舞阳河和清水江,乌江水系思南段的3水系7条河流的野生斑鳜群体遗传结构及其遗传多样性进行研究。研究结果如下:1.基于传统形态性状数据和框架结构数据相结合,运用多元分析方法对苗岭山区3水系斑鳜群体的形态差异进行了比较研究。结果显示:斑鳜群体间的背鳍棘、背鳍条、胸鳍条、腹鳍条、臀鳍条、尾鳍条、幽门垂、侧线鳞和第一鳃弓外鳃耙等9项可数性状存在显著差异(P<0.05);主成分中提取了前6个主成分,其累计贡献率为72.668%,前3项主成分对群体间外形差异贡献较大,主要受其尾柄长、眼间距和体宽等性状影响;应用逐步判别方法建立了3个群体的特征判别函数,其交互验证判别准确率为81.5%;形态学聚类图结果显示,沅江和柳江群体形态关系较近先聚为一支,之后再与乌江群体相聚;乌江群体与沅江和柳江群体在尾柄长/体长性状上的差异达到亚种水平(差异性系数>1.28)。综上可知,苗岭山区3个斑鳜群体在形态学上存在一定差异,其中柳江与沅江形态差异较小,乌江与其差异较大,建立的判别方程可对3个群体进行区分。2.基于线粒体DNA Cytb基因遗传分析,结果显示:苗岭山区斑鳜群体碱基A、T、C、G的平均含量分别为24.3%、27.3%、32.9%和15.5%;365条1141bp长度的Cytb基因序列中,多态位点28个,共定义了29个单倍型,各群体有一个共享的优势hap6;群体划分2个谱系,Clade 1广布于3水系7条河流,而Clade 2只限于苗岭北部2个水系5条河流;北部群体呈高单倍型多样性低核苷酸多样性水平,而南部为低单倍型多样性和低核苷酸多样性;斑鳜遗传变异首先来自群体内部个体间,其次才是水系或流域间隔离;南北群体间存在高度遗传分化;2个谱系在更新世晚期发生过群体扩张事件。综合分析揭示,苗岭斑鳜群体有共同的母系祖先,遗传多样性呈北高南低的特点,南北群体间产生显著的遗传分化。3.基于线粒体DNA COI基因的遗传分析结果:斑鳜群体碱基A、T、C和G的含量分别为25.1%、28.6%、28.2%和18.2%,1560 bp的同源序列共编码了503个氨基酸;365条序列有多态位点34个,共定义了34个单倍型,hap1是所有水系或河流群体共享的优势单倍型;该基因区未能建立明显的系统谱系关系;遗传多样性同样是北部各群体为高单倍型多样性低核苷酸多样性,而南部为低单倍型多样性和低核苷酸多样性,遗传变异主要自群体内部;群体间遗传差异较小,南北群体间也存在高度遗传分化;3水系群体近期发生过扩张事件。分析指出,基于线粒体COI基因的苗岭斑鳜无明显系统发育关系,属同一个母系祖先群体,单倍型遗传多样性丰富,但核苷酸多样性偏低,南北地理群体间存在遗传多样性差异性和显著的遗传分化。4.基于rDNA ITS-1序列的遗传多样性分析结果:群体的碱基A、T、C和G的平均含量为20.4%、8.7%、33.2%和37.7%,其中C+G(70.9%)明显高于A+T(29.1%);ITS-1的序列长度在718-734bp之间,有8种长度序列类型,365条序列有多态位点16个,共定义了22个单倍型,hap1是所有河流水系共享1个祖先单倍型,其他21个单倍型有它衍生而来,代表苗岭斑鳜群体的343尾个体;群体呈低单倍型多样性和低核苷酸多样性;遗传距离、遗传分化系数和基因流均显示群体间未见遗传分化。rDNA ITS-1基因分析提示,苗岭斑鳜属同一群体,单倍型多样性偏低,遗传多样性贫乏。综上所述,苗岭山区斑鳜群体间虽然分属不同流域和水系,但从系统发育关系上无明显的地理分布格局,同属一个祖先遗传来源。核外线粒体DNACytb基因和COI基因遗传多样性丰富,而核DNA ITS-1遗传多样性贫乏。因环境不同、地理阻隔和进化差异,群体间产生一定的形态和遗传差异。