本试验利用6对微卫星标记对湘西黄牛群体进行了研究。利用SAS软件GLM过程，分析微卫星座位及等位基因对湘西黄牛体长、胸深等8个性状的影响；并对湘西黄牛的遗传多样性进行了分析；此外，根据Nei’s遗传距离，对湘西黄牛、鲁西牛、晋南牛、秦川牛、南阳牛和延边牛进行了聚类分析。主要结果如下：1．微卫星IDVGA27对湘西黄牛胸围、胸深的影响达到显著水平(P＜0.05)，其等位基因144bp对胸深和胸围的正效应都最大；ETH10和BM2113对胸深的影响显著(P＜0.05)，对胸深的正效应较大的等位基因分别是248bp和158bp；BM2113对腰角宽有显著影响(P＜0.05)，等位基因158bp正效应最大；BM2113和BM1824对十字部高的影响达到显著水平(P＜0.05)，对应等位基因141bp和169bp的正效应较大。2．6对微卫星引物在湘西黄牛中共检测到65个等位基因，平均每对引物上检测到9.3个等位基因。有效等位基因数在5.6583～11.1312之间，平均有效等位基因7.8759个，等位基因在湘西黄牛群体中的分布很均匀。3．微卫星座位在湘西黄牛群体中观测杂合度范围在0.8231～0.9102间，平均杂合度为0.8669。期望杂合度为0.8432～0.9175，平均期望杂合度为0.8829。平均多态信息含量(PIC)为0.8297，最小的是BM2113(0.7998)，最大的是ETH10(0.9032)。6个座位的PIC值均大于0.5，都是高度多态性的。湘西黄牛遗传多样性丰富，具有较大的遗传潜力，可承受的选择压比较大。4．湘西黄牛不同产区间分化水平不高，个体迁移普遍，固定指数(Fst)0.3670，基因流(Nm)0.4312。经x~2检验，湘西黄牛群体在6个位点都处于哈—温不平衡状态。5．根据Nei’s遗传距离，将鲁西牛、南阳牛、秦川牛和晋南牛聚为一类，延边牛与这四个品种的遗传距离稍远，因此延边牛单独划为一类。湘西黄牛与5个品种的遗传距离都相当大，单独归为一类。