中医药是我国数千年临床医学经验的结晶,它是基于系统生物学的多主分多靶点天然药物。中药中的生物活性分子是中药作用的基础。运用计算机辅助药物设计方法研究中药中的活性分子作用的机理,对于基于中药的多主分多靶点药物的开发,对于中药作用机理的阐述,对于中药的现代化都有重要的意义。在本文中,作者做了一些计算机辅助药物设计方法在龙蛇羊泉汤复方方剂中的应用。为了研究龙蛇羊泉汤这种传统中药处方的抗肿瘤活性,我们运用计算药理学方法着重对龙蛇羊泉汤中所含的187个分子进行了化学空间分析,对一些特征描述符的分布进行了阐述,同时采用主成分分析方法将多维化学空间映射到二维空间以得到更直观的图像,结果表明其中大部分化合物具有较好的类药性质。利用分子对接方法研究了187个化合物与12个肿瘤疾病相关的公认靶标的相互作用,以显示出龙蛇羊泉汤中分子在抗肿瘤方面多通路、潜在的协同作用的药理学性质。