胃癌血清核酸适配体的筛选及鉴定

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胃癌是人类最常见的恶性肿瘤之一,严重威胁着人类的健康。目前临床上治疗的癌症大多数己经属于中、晚期,现有的治疗方法对治愈癌症效果并不好,所以对癌症的早期诊断可能是取得较好治疗效果的关键。胃癌血清标志物检测是目前临床胃癌早期诊断的主要手段之一。常用的胃癌血清标志物有:癌胚抗原(CEA)和糖链抗原19-9(CA19-9)、125(CA125)、50(CA50)等。由于其敏感性、特异性较低,常采用多种肿瘤标志物联合诊断。因此,发现新的检测胃癌早期的特异性分子识别探针,对于胃癌的防治具有重要的作用。采集50例经病理证实的早期胃癌患者的术前血清,以及采集50例检查无异常的正常血清,同时分别等比例混合制备成胃癌混合血清和正常混合血清,制备成混合血清的目的是为了消除个体差异。先用乙腈处理后的胃癌血清进行3轮正筛选,再通过链霉亲和素磁珠法制备分离次级ss DNA文库;以乙腈处理后的正常血清为反筛选靶标,即将乙腈处理后的胃癌血清与反筛选消减后的次级ss DNA文库结合,经链霉亲和素磁珠法制备得到单链产物作为下一轮筛选的文库,进行9轮SELEX筛选。高通量测序分离单一核酸适配体,并对其进行结构分析。挑选4条高丰度的核酸适配体序列送生物公司合成,分别与临床采集的50例乙腈处理后的早期胃癌血清、50例乙腈处理后的正常血清进行临床验证实验,进一步鉴定筛选得到的4条胃癌血清核酸适配体的特异性。主要研究结果如下:1.采集的胃癌血清、正常血清按照血清:水:乙腈=1:2:0.5处理时保存的LAP数目相对较多。2.以早期胃癌血清为靶标,正常血清作为反筛选靶标,利用消减SELEX技术,共进行12轮的筛选,对结合力最高的第12轮的文库进行高通量测序,它们两端序列固定,与ss DNA文库序列相同,中间的序列各不相同,表明成功筛选出一组胃癌血清核酸适配体。3.通过软件挑选得到4条高丰度的核酸适配体序列。通过NUPACK软件对代表性的10条核酸适配体的结构进行分析,得到的核酸适配体以茎环结构(Loop-stem)、茎凸环结构(bulge)为主。同源性序列比对发现有多个保守基序,表明核酸适配体可能针对血清中多种不同的靶标和结合位点。4.采集50例早期胃癌血清、50例正常血清,血清均用乙腈处理,分别与筛选得到的4条高丰度的核酸适配体结合,通过实时定量-PCR检测。检测结果表明4条高丰度的核酸适配体的△Ct值都在4-5个循环左右,表明筛选得到的4条高丰度的核酸适配体对靶胃癌血清具有很强的特异性。
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