目的目前，建立科学、合理、有效的乡镇卫生院绩效考核机制是新医改后农村卫生工作迫在眉睫的新任务。本研究通过现场调查，了解连云港市乡镇卫生院机构绩效考核和内部绩效考核的现状与具体做法，并通过对绩效考核结果的运用与实证分析，发现存在的突出问题与困难，在此基础上结合相关政策、文献等理论研究，构建乡镇卫生院绩效考核机制的理论框架，最终提出如何建立考核机制、提升运行成效的建议。方法采用文献研究、定性与定量相结合的调查方法。从绩效考核出台的政策制度、考核组织机构、指标体系、实施流程四方面对连云港市2个县8家乡镇卫生院进行定性现况调查；对机构绩效考核和内部绩效考核结果的运用采取定量的实证分析，调查内容包括机构的综合管理、基本医疗、公共卫生服务等方面以及内部人员的职业发展、考核评价、工资分配福利等，运用的统计学方法有描述性统计、TOPSIS法、因子分析法。结果机构绩效考核的评价模式较为单一；公共卫生与社会评价两维度的熵权分别为0.27650、0.111217，处于较低水平，说明对两者的重视程度不够；绩效考核制度落实和实施的监督力度不高，乡镇间存在“贫富差距”。内部绩效考核研究显示，乡镇卫生院职工对绩效考核制度实施情况持保留态度，只有24.2%的人员表示满意；乡镇卫生院职工的综合满意度平均得分为2.51分，换算成百分率为50.2%，说明乡镇卫生院职工自身工作满意度较低。结论政府应当加大对农村卫生的投入，同时乡镇卫生院应当把改革重点放到公共卫生服务体系的建设上来，重视社会效益的创造，真正回归乡镇卫生院的公益性。具体措施如下：政府及卫生行政部门应当构建社会多方参与的乡镇卫生院绩效考核组织体系；优化绩效考核指标体系，包括合理分配各维度的权重系数、尽量细化考核指标、多使用定量指标、保持考核指标的动态性，及时调整与优化；建立对考核结果及时运用与反馈的机制，加强政府、同行、自我、第三方四方面的监督力度；构建并完善乡镇卫生院机构和人员的激励机制；努力提高职工工作满意度，保障绩效考核机制有效运行。