文昌鱼是介于无脊椎动物和脊椎动物之间的过渡型动物，是研究脊椎动物起源和进化的典型材料。利用分子生物学手段，研究文昌鱼有关基因的结构、进化和表达，可以从分子水平上来揭示包括人类自身在内的脊椎动物的起源。本文从青岛文昌鱼肠cDNA文库(本实验室保存)中，分离得到克隆L095和094，经鉴定它们分别编码文昌鱼线粒体琥珀酸-泛醌氧化还原酶中细胞色素b的小亚基(AmphiSDHD)和核糖体蛋白S27(AmphiS27)。 AmphiSDHD全长1429bp，含有一个465bp的开放阅读框(ORF)，编码一个由154个氨基酸残基组成的蛋白质；它有一个由65个氨基酸残基组成的线粒体导肽，该导肽富含碱性氨基酸残基(如精氨酸)和疏水氨基酸残基(如丝氨酸和苏氨酸)。AmphiSDHD和其他真核生物的SDHD蛋白的氨基酸序列比对显示AmphiSDHD含有三个跨膜区，并且在第二个跨膜区含有两个组氨酸残基，可能是血红素b的结合位点。构建的SDHD蛋白系统进化树表明AmphiSDHD更接近于脊椎动物；Northernblot表明，AmphiSDHD在文昌鱼中广泛表达，这种现象与SDHD是一个管家蛋白相一致。 AmphiS27全长607bp，含有一个255bp的开放阅读框(ORF)，编码一个84氨基酸残基组成的蛋白质，分子量为9，488Da，等点电为9.500。在氨基酸水平上，AmphiS27与脊椎动物、无脊椎动物和其他真核生物S27的相似性分别为94％-99％、84％-94％和69％-72％，说明AmphiS27与脊椎动物S27的亲缘关系更近一些。Southernblot分析显示S27基因在文昌鱼基因组仅存在一个拷贝。这支持了文昌鱼基因组没有发生广泛倍增的观点。