乳腺导管原位癌和浸润癌TP53基因网络变异分子流行病学特征比对分析和数据挖掘

来源 :河南科技大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:senjian
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
背景:乳腺癌是中国女性发病位居第一的恶性肿瘤。随着乳腺癌影像技术的发展,乳腺导管原位癌(ductal carcinoma in situ,DCIS)的诊断率逐年上升。通过筛查发现乳腺DCIS的女性比一般人群中相比具有更高的发生浸润性乳腺癌风险和乳腺癌死亡风险。TP53基因在恶性肿瘤存在广泛突变,在乳腺肿瘤中,TP53突变非常频繁,可达25%~30%,甚至更高。TP53基因突变在DCIS和浸润性导管癌(invasive ductal carcinoma,IDC)中已广泛报告,但目前TP53在DCIS与IDC的基因网络变异及差别尚不清楚,TP53在DCIS向IDC发展过程中的角色尚不清楚,TP53突变在DCIS的频率及高频突变位点以及与IDC生存预后的关系尚不清楚。目的:1.研究DCIS和IDC TP53基因网络突变等变异分子流行病学特征的差异以及与IDC之间的生存预后关系;2.研究DCIS和IDC之间TP53基因突变分子流行病学特征以及与乳腺癌术后复发的关系。方法:1.在2020年9月至2021年10月期间收集了河南科技大学第一附属医院乳腺肿瘤外科标本DCIS 10例,IDC15例(病理医师诊断为DCIS和IDC的女性患者,未进行新辅助化疗的手术标本、穿刺标本和血液标本),12例进行全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)对比确定肿瘤特异性突变,分析TP53相关基因网络突变分子流行病学特征。2.循证医学评价方法(系统评价和meta分析)研究TP53基因在DCIS和IDC突变频率和突变位点的差异,以获得TP53基因在DCIS和IDC的突变特征证据;研究TP53基因突变与乳腺癌复发的meta分析3.生物信息学方法(COSMIC、cBioPortal在线数据库)分析DCIS和IDC之间TP53基因突变网络等变异的差异,以及分析TP53基因网络突变与IDC之间的生存预后分析。结果:1.全外显子组测序结果:在HNFB001C、HNFB003C和HNFB005C的3个组织样本中,最常见的点突变类型是C>T/G>A,IDC(HNFB005C)中此类型所占的比例最高,DCIS(HNFB001C、HNFB003C)中所占的比例大致相同。在已知的驱动基因中,TP53基因突变在DCIS和IDC中最常见的突变类型是错义突变。2.循证医学方法评价(系统评价和meta分析方法)分析结果显示,共有40项研究纳入系统评价,结果显示,DCIS中TP53基因突变频率为19.7%,IDC中TP53基因突变频率为22.4%;DCIS和IDC中最常见突变位点是外显子7。DCIS和IDC中TP53突变频率差异的meta分析结果显示,两者突变频率无差异(合并风险比[RR]:1.09;95%CI:0.75–1.59),纳入研究间无明显异质性(I2=0%,P=0.790)。TP53基因分别在ER-、PR-、HER2+、有淋巴结转移的IDC以及HER2型、TNBC型IDC突变频率较对应组高,统计学有显著的差异(P<0.001)。敏感性分析显示单个研究不改变总meta分析的结果。漏斗图结果显示meta分析中无显著的发表偏倚。共有17项研究纳入系统评价,结果显示,11项研究描述了TP53基因突变与乳腺癌复发总生存期的meta分析结果显示,TP53基因突变与乳腺癌总生存期有关(合并风险比[HR]:1.68;95%CI:1.08–2.61),纳入的研究间有明显的异质性(I2=91%,P<0.001);8项研究描述了TP53基因突变与乳腺癌复发无病生存期或无复发生存期的meta分析结果显示,TP53基因突变与乳腺癌无病生存期或无复发生存期有关(合并风险比[HR]:1.54;95%CI:1.05–2.26),纳入的研究间有明显的异质性(I2=74%,P<0.001)。敏感性分析显示单个研究可以改变总meta分析的结果。3.生物信息学方法(COSMIC、cBioPortal在线数据库)结果显示,COSMIC数据库:IDC突变基因有18330个,DCIS突变基因有81个,TP53基因网络有260个,TP53基因网络在DCIS中有2个基因突变,在IDC有115个基因突变;cBioPortal数据库:MSI1(P=0.017),MRE11(P=0.025),RACK1(P=0.011),SIRT6(P=0.014),STRAP(P=0.046),ZEB2(P=0.020),6个基因P值均小于0.050。结论:1.全外显子组测序:TP53基因突变可能持续存在于DCIS向IDC的发展过程中,现有证据不能推测TP53基因突变位点在DCIS发生发展中的角色差异;已知的驱动基因TP53基因突变在DCIS和IDC中最常见的突变类型是错义突变。2.循证医学评价方法(系统评价和meta分析):TP53基因在乳腺癌早期阶段(DCIS)即存在突变,现有证据不能推测突变位点决定TP53基因在DCIS发生发展中的角色差异;ER-、PR-、HER2+、淋巴结转移IDC中TP53的高突变频率提示TP53基因突变参与了乳腺癌的恶性进展。TP53基因突变与乳腺癌的生存预后有关3.生物信息学方法(COSMIC、cBioPortal在线数据库):DCIS和IDC之间TP53基因突变网络存在差异;MSI1,MRE11,RACK1,SIRT6,STRAP,ZEB2基因与乳腺癌的生存预后有关。
其他文献
背景:帕金森病(Parkinson disease,PD)是一种以大脑黑质致密部区域中的多巴胺神经元退化为特征的疾病,是好发于中老年人的我国第二大常见的快速进展的神经退行性疾病。研究显示中国人PD的患病率约为16–440.3/10万,PD的患病率随着年龄的增长而增加,并且表现出男性优势。流行病学调查研究数据显示,65岁以上年龄的患病率约为1.7%,截止至2016年全球约610万人受到PD的影响。P
学位
研究目的1.研究去泛素化酶卵巢肿瘤蛋白1(OTUB1)和白细胞介素15(IL-15)在子痫前期(pre-ec1ampsia,PE)胎盘组织中的表达情况;2.探讨OTUB1和IL-15对胎盘中滋养细胞的侵入、母胎界面免疫调节平衡的影响,有助于更好的预防、检测与治疗子痫前期。研究方法:按照纳入排除标准收集胎盘组织病理蜡块100例,蜡块年限为2017年10月-2020年10月,其中70例PE患者胎盘组织
学位
研究背景:经胸腹腔镜微创食管癌根治术(minimally invasive esophagectomy,MIE)因其创伤小,视野清晰,出血少,术后疼痛轻、恢复快等优点,已经逐渐成为食管癌根治术的主流术式。MIE麻醉的气道管理主要采用双腔气管插管单肺通气和单腔气管插管人工气胸双肺通气两种,其中后者因其操作简便、气道损伤小等优势越来越多地被采纳。但由于食管癌手术范围广,创伤大,且人工气胸类似单肺通气也
学位
背景:2019年最新版糖尿病地图显示全世界约有4.63亿糖尿病患者,预测至2040年这一人数将上升至6.5亿,目前我国糖尿病患者的数量居世界首位。糖尿病及其并发症的急剧增长已成为全世界面临的重大公共卫生挑战。糖尿病肾病(diabetic kidney disease,DKD)现已超过慢性肾小球肾炎成为我国慢性肾脏病(chronic kidney disease,CKD)和终末期肾病(end-sta
学位
背景:临床医师在门诊看诊过程中,遇到的最常见的主诉症状之一是眩晕,患者有时描述为头晕,两者常分辨不清。眩晕的诊断和鉴别诊断繁多复杂,常需多学科协作诊治。其中以与耳鼻喉科相关的前庭外周性眩晕多见。据调查,有高达30%的人一生中会经历至少一次急性外周性前庭病变,前庭神经炎(Vestibular Neuritis,VN)占据较大比例。VN常急性起病,发作时眩晕症状较重,发病率逐年上升,药物治疗常可缓解。
学位
背景:根据世界卫生组织的最新报告,冠状动脉粥样硬化性心脏病(Coronaray artery heart disease,CAD)是全球范围内死亡率和致残率最多的疾病之一,对人类的健康有巨大的潜在威胁。现临床上,应用最广泛、最高效的诊断冠脉狭窄以及病变狭窄程度的检查是冠状动脉血管造影术(coronary angiography,CAG),被认为是诊断冠心病的“金标准”。但对于临床上的一些冠脉造影未
学位
研究背景:帕金森病(PD)是一种严重危害中老年健康的神经退行性疾病,线粒体自噬和内质网应激与帕金森病密切相关,抑制素2(PHB2)是新发现的线粒体内膜自噬蛋白受体,线粒体外膜破裂时与LC3结合参与线粒体自噬,在PD中作用尚不清楚。蛋白激酶样内质网激酶(PERK)是内质网应激的关键分子,我们前期发现6-OHDA诱导的PD细胞模型中LC3与PHB2结合明显增加;并发现抑制PERK能降低Parkin表达
学位
目的 探讨血清免疫球蛋白G(IgG)、免疫球蛋白E(IgE)联合检测在成人常见食物过敏原筛查中的价值。方法 根据严格纳入、排除标准,筛选2020年2月至2022年6月该院收治的226例成人过敏性疾病患者作为研究对象。采用化学发光免疫分析法检测IgG、IgE阳性率,对比不同年龄段(≥50岁与<50岁)过敏性疾病患者血清IgG、IgE阳性检出情况。结果 常见食物过敏原中,引起226例过敏疾病患者血清I
期刊
背景:创伤性脑损伤(Traumatic Brain Injury TBI)是外力所致的大脑损伤,是继人类心脏疾病,恶性肿瘤,脑血管意外后死亡的第四大原因[1-3]。随着人们生活水平的提高,运输事业以及高空作业的发展,创伤性脑损伤的发病率也随之增加了。因为创伤性脑损伤不仅取决于原发性颅脑损伤的程度,还取决于其他因素引起的继发性颅脑损伤,因此保护患者的神经功能,恢复其基本的生活自理能力甚至劳动力将是临
学位
背景:臀部坐骨神经卡压是临床上常见的非椎间盘性的外周神经疾病,常见于臀部骨骼肌肉疾病[1],如梨状肌卡压,除了梨状肌外,闭孔内肌、腘绳肌、尾骨肌等也会导致坐骨神经卡压,由于其发病率高、病因多种多样,病程较长,常规治疗难以满足患者的需求[2,3]。小针刀作为一种松解组织、缓解臀部疼痛的微创手段越来越多地被应用于臀部坐骨神经卡压的治疗[4,5]。近年来随着精准医疗模式的兴起,如何实现小针刀触激术在臀部
学位