儿童难治性肾病综合征基因组甲基化研究

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原发性肾病综合征是儿童时期发病率仅次于急性肾小球肾炎的一种肾脏疾病,糖皮质激素是该疾病的一线治疗药物,有约90%的患者对激素的治疗敏感,但约10%-20%的患者对糖皮质激素不敏感,临床统称为难治性肾病综合征(Refractory Nephrotic Syndrome,RNS)。DNA甲基化修饰是在甲基化转移酶(DNA-methyltransferase,DNMT)的作用下,胞嘧啶第5位碳原子上以共价结合方式添加一个甲基,广泛参与细胞生长、分化、增殖和疾病状态的调控,对于人类发育和疾病的探索具有深远的意义,存在于所有高等动物体内。它在肾脏的发育及病理过程中也发挥重要的作用,同时与一些肿瘤对化疗药物产生耐药性密切相关。综上本课题组提出将DNA甲基化与原发性肾病综合征激素治疗反应型结合,期望观察儿童原发性肾病综合征不同激素治疗反应型患者的基因组DNA的甲基化状况。本研究将分为两部分进行。第一部分:原发性肾病综合征患儿全基因组DNA甲基化水平检测目的:观察儿童原发性肾病综合征患者全基因组DNA甲基化状态。方法:①按照对糖皮质激素治疗不同反应,将12名患者分为3组,于患者入院第一日早晨抽取外周静脉血;②提取全血DNA备用;③制备Illumina450K Infinium甲基化芯片;④结果分组比较,G1组为SSNS组与SRNS组比较,G2组为SDNS组与SRNS组比较;G3组为SSNS组与SDNS组比较,统计和分析甲基化芯片结果。结果:①原发性肾病综合征患儿基因组DNA存在广泛的异常甲基化状态,特别是激素抵抗性肾病综合征患者异常甲基化的基因众多;②G1组甲基化差异位点2554个,差异位点其中SRNS组2285个位点表现为甲基化水平增高,269个位点表现为甲基化水平降低;G2组甲基化差异位点436个,其中SRNS组291个位点表现为甲基化水平增高,145个位点表现为甲基化水平降低;G3组甲基化差异位点317个,其中SDNS组125个位点表现为甲基化水平增高,192个位点表现为甲基化水平降低。小结:难治性肾病综合征患者全基因组DNA异常甲基化状态普遍,涉及基因众多,推测DNA甲基化的异常与原发性肾病综合征的发生及糖皮质激素治疗不敏感有关。第二部分:儿童难治性肾病综合征基因组甲基化的生物信息学分析目的:对原发性肾病综合征患者异常甲基化的基因进行生物信息学分析,同时进行分类、筛选,寻找诊断和预测患者糖皮质激素治疗反应的生物学指标。方法:①整理3组数据;②利用DAVID数据库对结果进行GO分析及KEGG疾病及信号传导通路分析,取数据库中直接给出的P≤0.05为显著性阈值,筛选分析结果,并使用超几何分布对筛选结果的P值进行验证;③各组的结果取交集,筛选能够成为诊断和预测患者糖皮质激素治疗反应型的生物学指标。结果:①数据进行生物信息学分析,发现甲基化水平异常的基因生物功能广泛,是多种细胞器的组成成分,参与细胞内多种基础生命活动,同时也是多条疾病及信号传导通路的重要组成成分;②对各组结果取交集,没有发现在3组中同时表现为异常甲基化的基因。数据两两分组比较时发现WTIP基因在G1组和G2组中都位于甲基化差异表达水平最大前20位,表现为SRNS组甲基化水平异常增高,推测WTIP基因可能成为诊断和预测患者糖皮质激素治疗反应型的生物学指标。小结:对原发性肾病综合征患者基因组异常甲基化的基因进行生物信息学分析,发现甲基化异常的基因涉及功能众多,对维持细胞的基础生命活动具有重要的作用。同时发现,WTIP基因在SRNS组患者基因组中表现为异常高甲基化状态,该基因对肾小球足细胞正常功能的维持具有重要的作用,因此我们推测WTIP基因的异常甲基化表现可能与患者对糖皮质激素治疗不敏感有关,具有诊断和预测激素抵抗型肾病综合征的潜能。
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