根据联合国粮农组织（FAO）推荐以及从文献中查找得到22对普通牛微卫星引物，通过试验筛选从中获得能用于沼泽型水牛研究的11对引物（HEL13、BM1225、BM1818、BM2113、EHT11、ETH10、ETH225、CSSRM60、CSSM66、INRA026、ILSTS005），用以对6个贵州地方水牛群体进行微卫星多态性检测，从分子水平上提供了贵州地方水牛遗传多样性及亲缘关系的根据。得到主要结果如下： 1、通过筛选，得到可用于沼泽型水牛进行微卫星分析的11对引物，确定了其相应的PCR反应条件，并获得贵州地方水牛核基因组的多态性扩增结果。 2、从6个贵州地方水牛群体的11个微卫星座位上共检测到72个等位基因，其中共享等位基因49个，非共享等位基因23。各等位基因频率介于0.0094～0.5236。 3、6个群体在11个微卫星座位上的多态座位百分比均达100％，其观察杂合度、期望杂合度、Nei氏期望杂合度分别为0.9278±0.2113、0.7979±0.0297、0.7967±0.0296，平均杂合度为0.7612±0.0313。 4、本研究得到的平均有效等位基因数为4.2±0.9513个，平均多态信息含量（PIC）为0.7196±0.0417，为高度多态，说明贵州地方水牛遗传多样性十分丰富。 5、本研究得到的Nei氏标准遗传距离介于0.0965～0.3080，群体间遗传距离最远的是毕节水牛与黔南水牛，最近的是黔东南水牛与黔南水牛。遗传相似系数则介于0.7346～0.9050。 6、根据逐步突变模型，假定水牛微卫星平均每代突变率为4×10^-3，水牛世代间隔为6年，计算出贵州地方水牛的遗传分化时间在290年～925年。 7、综合对比UPMGA法和NJ法，对贵州地方水牛的6个群体进行了聚类分析，并结合对贵州水牛的传统划分，提出了对贵州水牛按“三类型式”和“四类型式”共四种划分法的划分体系，而以划分为“黔北水牛、黔中水牛、黔南水牛、毕节水牛”以及划分为“黔北水牛、黔中水牛、黔南水牛”两种划分法更切合实际和更实用。这一分类体系，更能反映贵州不同地区水牛的生态地理分布特点及其历史形成状况，是对贵州水牛遗传研究的一个新突破和新认识。 8、根据贵州地方水牛遗传多样性丰富，遗传杂合度较高的结果，以及我省水牛资源现状，提出对我省地方水牛的保护应与开发利用有机地结合，以开发利用推进保护工作。 9、本研究结果为我省地方水牛的遗传资源评估、保护与开发利用提供了进一步的遗传学依据。