本文通过以一个原告起诉侵犯其独占许可专利权，被告以专利权无效来对抗的案例说开，分析出本案涉及的关键问题是在专利权的保护中如何协调专利权人的利益和社会公众利益的问题。在专利保护中如何评估、选择、衡量个体价值和社会价值之间的冲突，即如何进行利益的平衡，是专利法在立法中和司法评判过程中必须面对和处理的问题。通过对专利权保护中利益平衡内涵的分析，得出专利权保护中的利益平衡应当具备公平性、正当性，并且应当是保护和限制的一种制衡，同时明确专利权保护中的利益平衡是利益格局体系中各个利益主体的一种平衡，专利权保护中要实现利益平衡，就必须对利益格局和利益体现有全面的了解。在确定了专利权保护中利益平衡的内涵后，本文对为何在专利保护中需要利益平衡进行分析，得出利益平衡不仅指导着整个专利保护制度的设计，而且还是专利保护制度的运行基础和专利保护制度的设计基础，就整个专利保护制度而言，利益平衡还有效保障了专利保护制度实现其立法的目的，并明确专利保护必须适度及合理。所有的这一切都成为我们为什么要在专利保护制度中需要利益平衡的原因，离开了利益平衡，整个专利保护制度就不在有其存在的公平性、正当性，离开了利益平衡，专利权人和社会公众之间的利益也就无法协调，所谓的保护和限制也就无从谈起。因此利益平衡在专利保护制度中是必须的。在得出以上结论后，再结合通过专利权保护客体的限定来实现利益平衡、通过明确专利权的授权标准来实现利益平衡、通过专利保护期限的限制来实现利益平衡、通过专利权的限制来实现利益平衡、在专利权行使过程中实现利益平衡、专利权的行使内容中实现利益平衡、专利权的权利范围确定中的利益平衡、在专利强制许可制度中实现利益平衡、专利权无效制度中的利益平衡、专利侵权保护过程中的利益平衡、在专利侵权行为认定中实现利益平衡、专利侵权后的责任承担中利益平衡的实现得出利益平衡始终贯穿于整个制度当中，而且很多制度的设计其最终目的也是为了实现利益的平衡。最终以利益平衡为指导，明确了利益平衡机制以促进科技进步及社会发展为目标、利益平衡是专利保护制度得以运转的保障、利益平衡机制贯穿于整个专利制度中、利益平衡确定决定了如何对专利制度进行调整。对专利保护中的利益平衡的研究，得出专利制度设计的终极目标和各种制度的设计原理，不但可以在一定时间内对专利制度的有效性进行评价，还可以对专利制度的修改作出相应的指引，进而为专利制度的运行评价及以后的调整提供一定的思路。