本文从系统论的视角,以基于“要素-结构-环境-功能”的区域创新系统为逻辑模型,对区域创新环境的内涵进行解析,将区域创新环境划分为经济基础环境、创新制度环境、创新技术环境、内部需求环境、外部开放环境,并构建了衡量指标体系。收集2000-2011年西部12个地区的数据,对西部地区创新环境进行历史比较；然后利用主成分分析法对数据进行降维处理,通过方差分析对西部创新环境的区域差异进行比较；最后采用相关分析比较西部区域创新环境与创新产出的相关性。实证分析结果表明,第一,西部区域创新环境基础较差但发展很快；第西部各地区创新环境差异很大,四川、陕西、广西、重庆四个地区创新环境较好,云南、内蒙古、新疆、贵州四个地区创新环境一般,甘肃、宁夏、青海、西藏四个地区创新环境较差；第三,西部经济基础环境与创新产出相关性最强,然后依次是外部开放环境、内部需求环境、创新技术环境和创新制度环境。最后,对西部整体提出了大力发展宏观经济,夯实创新发展基础；增强创新发展动力,提升内部市场需求,加快开放步伐；发挥政府作用,加大对创新的支持力度,加快技术基础设施建设的对策建议,并针对西部各地区不同的发展水平提出了差异化建议。