用实时荧光定量PCR对基因表达水平进行检测时，需要内参基因对对结果数据进行校正。内参基因必须是在所研究的实验条件下具有相似的表达水平的基因。因此选择合适的内参基因是通过实时荧光定量PCR对目的基因进行准确定量的重要的前提条件。本实验中，我们利用实时荧光定量PCR对极大节旋藻中16SrRNA、TEF(翻译延伸因子，GTPases)、RPL13(核糖体蛋白)、PSR(藻蓝蛋白β亚基)、CYP(亲环素家族一员)、GAPDH(甘油醛-3-磷酸脱氢酶)、Hsp(热休克蛋白)和rpoD(RNA聚合酶σ70因子)八个候选基因在正常生长(设为对照组)、低温、低光强、氮磷缺乏及低pH五个环境条件处理下的稳定性进行检测，得到基因在样品中的表达水平Cq值。然后用Bestkeeper、Normfinder。和geNorm三个内参基因筛选软件对每个基因在样品中的Cq值进行分析，得到不同基因在样品中的表达差异，并且从中选出表达最稳定的基因作为合适的内参基因。虽然基于不同的算法，但是三个筛选软件的分析结果一致表明GAPDH和RPL13基因在五种处理条件下均表现出较好的稳定性，建议可作为环境胁迫研究中合适的内参基因。16SrRNA基因是研究极大节旋藻实时荧光定量PCR常用的内参基因，但其是否在所研究的实验条件下表达稳定，并没有实验证实。本研究结果表明，16S rRNA基因在所研究的实验条件下具有一定的的稳定性，但不是表达最稳定的候选基因，所以相比来说不是一个合适的内参基因。