液相芯片技术快速检测CYP2C9、CYP2C19、CYP4F2、VKORC1及ABCB1基因多态性

来源 :中国协和医科大学 北京协和医学院 中国医学科学院 清华大学医学部 | 被引量 : 0次 | 上传用户:liongliong534
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【目的】  1. 基于液相芯片技术,建立一种可同时检测CYP2C9、CYP2C19、CYP4F2、VKORC1及ABCB1等与华法林和氯吡格雷相关的药物基因多态性的方法。  【方法】  从NCBI、万方等数据库查找与华法林和氯吡格雷相关的药物基因及rs号(与华法林相关的药物基因及 rs 号:CYP2C9-C430T-rs1799853、CYP2C9-A1075C-rs1057910、VKORC1-G-1639A-rs9923231、CYP4F2-C1347T-rs2108622;与氯吡格雷相关的药物基因及 rs 号:CYP2C19-G681A -rs4244285、CYP2C19-G636A -rs4986893、CYP2C19-C806T-rs12248560、ABCB1-C3435T-rs1045642);根据rs号在Genbank中查找检测基因突变点附近碱基序列。根据引物设计原则,应用Primer6.0软件设计扩增引物,用PrimerPlex软件设计等位基因特异性引物延伸(Allele specific primer extension,ASPE)引物,突变点位于设计引物的3′末端。采用多重聚合酶链反应(Polymerase chain reaction,PCR)扩增8条靶序列,并通过ASPE反应联合MagPlex-Tag微球,在Luminex 200平台检测与华法林和氯吡格雷相关的药物基因型。探索反应条件,并对建立的方法进行方法学评价。用建立的方法检测120份全血样本,与测序结果进行比对。  【结果】  1. 利用该方法能够特异地检测与华法林和氯吡格雷相关的药物基因型,检测的纯合子(突变型/野生型)等位基因中间荧光值(Median fluorescence intensity, MFI)比率>0.9或<0.1,批内和批间的等位基因MFI比率变异系数(Coefficient of variation,CV)分别<1.7%和<2.3%;杂合突变型等位基因MFI比率在0.35~0.65 之间,批内和批间的等位基因MFI比率CV分别<6.4%和<10.9%;最低检测浓度为1.5ng;每份样品成本约65元人民币,6-8小时内能完成96份样本的分析。  2. 用建立的方法检测120份样本,检测结果与测序结果完全一致。  【结论】  本实验建立的方法可靠、性能稳定、成本低、通量高,具有潜在的临床应用价值。
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