与双亲遗传研究群体相比,多个亲本杂交衍生的后代群体中,包含更多的等位基因变异,在遗传研究和育种中的重要性日益突出。多亲杂交后代也可通过加倍单倍体或重复自交衍生出纯系群体（或称永久群体）,因此可以开展多环境有重复的表型鉴定试验,从而研究QTL在环境间的稳定性、提高QTL定位的准确性。本论文利用理论推导、计算机模拟比较和真实数据应用等方法,研究四个纯系亲本衍生DH和RIL群体中的连锁分析和QTL定位方法。得到的主要研究结果如下:1.根据亲本中可识别的等位基因个数将标记划分为14类。推导了两个标记上均有四种等位基因时的理论基因型频率,给出了两个标记间重组率极大似然估计（Maximum Likelihood Estimate,MLE）的计算方法。当其中的一个或两个标记均为非完全标记时,给出了重组率的极大似然估计的EM算法,从而为连锁图谱的构建和基因定位奠定基础。2.完备区间作图（Inclusive Composite Interval Mapping,ICIM）方法已经成功应用于双亲群体的加显性和上位性作图,以及无性系F₁和四交群体的QTL作图。大量模拟研究和真实群体数据分析表明ICIM是一种行之有效的QTL作图方法。本研究将ICIM方法推广到四交衍生纯系群体的QTL作图,首先推导出各种标记基因型下QTL基因型的条件概率,通过构建正交变量,建立了四交DH和RIL群体QTL作图的表型与基因型的线性回归模型,利用逐步回归选择显著标记变量。然后在定位QTL的扫描过程中,用显著标记对表型值进行矫正,基于ICIM思想进行有背景控制的区间作图,计算检验统计量,定位QTL并估计其位置和遗传效应,从而实现四交衍生DH和RIL群体QTL定位的完备区间作图。3.考虑QTL在标记区间内的不同位置、QTL连锁相等因素,设计了包括独立QTL和连锁QTL的多种遗传模型,产生大量模拟群体研究了ICIM方法在四交衍生纯系群体作图的有效性,并与其他现有作图方法进行比较。模拟研究表明:ICIM对QTL的检测功效较高,假阳性率较低,对于位置和效应的估计也近似无偏。同时将ICIM应用到一个真实小麦四交RIL群体,对该群体千粒重性状的定位结果表明:ICIM能检测到更多的QTL,这些QTL具有更高的PVE（Phenotypic Variance Explained）,更高的LOD值,同时具有更短的置信区间,部分QTL与已报道的基因重叠。4.在一个由（A×B）×（C×D）表示的四交群体中,当C和D相同时,四交设计就等同于三交设计（A×B）×C。如果A与D相同,四交群体只有三个亲本。当A和C相同,且B和D相同时,它就等同于由单交种A×B产生的双亲F₂群体。因此,本研究中提出的遗传分析方法可以也适用于由双亲F₂,三交F₁和只有三个亲本的四交F₁衍生的纯系群体。