试验于2014年3月至2015年10月在山东农业大学园艺科学与工程学院国家苹果工程技术研究中心实验基地进行。供试苹果连作土壤取自山东省泰安市夏张镇25年生的红富士老果园,以平邑甜茶实生苗为试材,盆栽条件下研究短期轮作与菌肥混合处理对连作土壤环境以及平邑甜茶幼苗生理生化指标的影响,研究结果如下:1、短期轮作不同作物可不同程度地提高土壤细菌、放线菌数量,降低土壤真菌数量。轮作葱处理可显著提高土壤中细菌数量、降低真菌的数量,与连作对照相比,细菌数量提高了167.97%,真菌数量降低了54.61%。轮作葱处理的放线菌数量显著高于其他处理,相比连作对照提高了50.94%。经一年短期轮作后,轮作葱处理显著提高了细菌/真菌比值,是连作对照的6.06倍。2、短期轮作可不同程度提高土壤真菌群落的多样性指数和丰富度指数,降低优势度指数,休闲处理的多样性指数和丰富度指数提高最为显著,分别是连作对照的1.05倍和1.17倍。T-RFLP图谱的主成分分析和聚类分析可以看出,短期轮作改变了苹果连作土壤的真菌群落结构,综合来看,轮作葱对连作土壤真菌群落结构的影响最大,显著改变了连作土壤的真菌群落结构。3、短期轮作显著提高了连作土壤中主要土壤酶的活性。与连作对照相比,轮作花生、轮作葱、休闲和生草处理的脲酶活性分别提高了63.64%、100.91%、33.33%和157.58%,过氧化氢酶分别提高了9.71%、16.95%、7.24%和19.43%,蔗糖酶分别提高了27.71%、47.30%、18.07%和23.29%,中性磷酸酶分别提高了91.67%、51.11%、63.78%和37.78%。4、短期轮作加菌肥处理可显著提高土壤细菌、放线菌数量。休闲加菌肥、生草加菌肥、轮作花生加菌肥、轮作葱加菌肥的细菌数量分别比连作对照提高了86.82%、126.28%、110.50%和189.42%,轮作葱加菌肥处理的细菌数量显著高于其他处理;放线菌数量分别比连作对照提高了110.28%、98.50%、83.81%和107.32。短期轮作加菌肥改变了土壤真菌群落结构,提高了连作土壤的优势度指数,降低了丰富度指数、多样性指数和均匀度指数,降低了有害真菌数量,使有益菌成为优势菌群。5、短期轮作加菌肥处理可显著提高平邑甜茶幼苗的生物量,与连作对照相比,休闲加菌肥、生草加菌肥、轮作花生加菌肥、轮作葱加菌肥鲜重分别提高了184.19%、93.68%、117.55%和186.32%,干重分别提高了205.17%、99.22%、131.01%和205.94%,株高分别提高了70.68%、38.68%、44.00%和58.68%,径粗分别提高了34.14%、16.59%、27.07%和33.17%。综合所有数据来看,轮作葱与菌肥混合处理的效果最好。6、轮作葱加菌肥处理可显著提高平邑甜茶幼苗根系形态指标,显著高于其他处理,仅次于灭菌处理。轮作葱加菌肥处理的总根长、表面积、根体积和根尖数分别比连作对照提高了147.21%、225.87%、298.46%和331.29%。葱根系浸提液和茎浸提液对有害真菌具有抑制作用,对尖孢镰刀菌的菌丝抑制率分别为37.84%和22.42%,根系浸提液抑菌效果最好。7、短期轮作加菌肥可显著提高根系呼吸速率和根系抗氧化酶活性。休闲加菌肥、生草加菌肥、轮作花生加菌肥、轮作葱加菌肥的根系呼吸速率明显高于对照,分别提高了80.17%、96.29%、51.60%和131.02%;轮作加菌肥处理的SOD活性显著高于连作对照,分别提高了43.70%、47.97%、39.51%和46.22%;POD的活性分别比连作对照提高了97.13%、51.29%、93.97%和110.49%,休闲加菌肥和轮作葱加菌肥的CAT活性显著高于其他处理,分别比连作提高了233.53%和158.96%。综合来看,轮作葱加菌肥处理的效果最好。