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选择性剪接是高等真核细胞在转录后水平调控基因表达以及产生蛋白质组多样性的重要机制。肌球蛋白轻链1(MYL1)是肌球蛋白轻链家族基因的成员之一,它的功能在蛋白质组学和生理学等方面已经被广泛地研究,已有的研究表明肌球蛋白轻链1和肌球蛋白有一定的相关,并且对肌动蛋白的ATP活性调控有主要作用。本课题组通过对蓝塘猪骨骼肌cDNA文库进行随机测序研究发现,MYL1基因可能存在选择性剪接。本研究通过比较基因组学和生物信息学、RT-PCR、克隆测序等方法,对猪MYL1基因的选择性剪接体进行鉴定和分析、并对该基因进行基因组序列和结构分析、组织表达谱的差异研究、蛋白质结构功能的预测及系统发生树的建立。主要研究结果如下:
1.参照人和鼠该基因的基因组结构,利用比较基因组学和生物信息学方法初步推测出MYL1包含9个外显子与8个内含子。以猪MYL1基因cDNA全长序列为基序,首次克隆出猪MYL1基因的6个内含子。
2.以人MYL1的mRNA为基序,在猪的EST库中进行BLAST,得到猪MYL1基因EST序列,经比对后设计引物,并结合RT-PCR技术克隆鉴定了猪该基因的6种选择性剪接体。
3.应用生物信息学,对猪MYL1基因选择性剪接体进行蛋白质序列分析和功能预测,结果发现:该基因的6种选择性剪接体有3种编码氨基酸序列。其中4种选择性剪接体编码同一氨基酸序列,其氨基酸残基包含2个结合钙蛋白质功能域;而另外两种氨基酸序列均包含3个结合钙蛋白质功能域,与其它物种的MYL1基因氨基酸序列同源性很高。
4.采用RT-PCR的方法对MYL1基因的选择性剪接体在蓝塘猪和长白猪12个组织中的表达进行了初步研究。
结果显示:选择性剪接体MLC1F和MLC3F主要在背最长肌和心脏中表达,而在其它10个组织中表达丰度很低甚至无表达;选择性剪接体MLC3V主要在猪的背最长肌中表达,而在其它11个组织中表达丰度很低。