高校是科技创新的核心主体，在创新人才培养、基础研究和原始创新等方面发挥了重要的作用。当前，我国高校的科技创新呈现出“分散、封闭、低效”的局面，这导致了高校科技创新的整体实力薄弱。为此，国家出台了旨在提升高校整体创新能力的“2011计划”，构建了一批2011协同创新中心。协同创新中心是以高校为牵头单位，科研院所、企业、地方政府以及其他相关机构为合作单位。目前，国内的协同创新中心大多处于组建、培育与试运行阶段，其内部运行机制不清晰，运行保障制度不完善。因此，研究协同创新中心的运行机制和运行保障具有一定的必要性，可以提高协同创新中心的运行效果。在文献梳理的基础上，基于我国首批14个协同创新中心的现状，阐述了协同创新中心的组建过程、结构分布以及主体成员的特征，分析了协同创新中心科研项目运行、合作成员选择、资源整合与联动合作以及发展动力等四方面的运行机制，论述了协同创新中心组织管理、创新资源和运行制度等三方面的运行保障。最后，对协同创新中心及其主管部门提出了建议，旨在提高协同创新中心的运行效果。