大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)是备受人们关注和喜爱的珍稀保护物种,是我国的―国宝‖,更是弥足珍贵的世界自然遗产。遗传多样性是生物多样性的重要组成部分,保护濒危物种的遗传多样性是生物多样性保护的一个重点。对大熊猫遗传多样性的保护工作不仅能给其他濒危动物保护提供宝贵经验,也能促进生物多样性的蓬勃发展。大熊猫现存种群分布在我国从北到南的六个山系,依次为秦岭山系、岷山山系、邛崃山系、大相岭山系、小相岭山系和凉山山系,分布范围包括了陕西、四川、甘肃三个省。秦岭山系,素有―动植物王国‖盛誉,是我国南北方气候以及亚热带和暖温带的分界线。秦岭山系的野生大熊猫种群与其他5个山系的野生大熊猫种群有着明显的遗传分化,是一个独立的保护管理单元。本研究从两方面深入评估秦岭大熊猫种群的遗传多样性:首先,我们通过对已发表的秦岭大熊猫种群遗传多样性的文献进行meta-analysis,总结评估秦岭大熊猫种群的遗传多样性状况;然后,我们应用新收集的秦岭山系佛坪保护区野生大熊猫种群的微卫星数据,分析其遗传多样性和种群遗传结构,模拟其种群历史,进一步验证上述meta-analysis总结结果,并分析其原因,从而为秦岭大熊猫种群针对性地保护提供科学依据。Meta-analysis分析结果显示,在6大山系种群中,秦岭大熊猫种群具有最低的遗传多样性,尽管秦岭大熊猫种群数量不是最低的。本研究使用非损伤性遗传取样法和微卫星分子标记技术结合,基于对秦岭山系佛坪自然保护区147份野生大熊猫粪便样品进行分析,使用12个微卫星位点进行个体识别,成功鉴定出50个个体。佛坪野生大熊猫种群的观测杂合度(Ho)为0.4346,期望杂合度(He)为0.4523;与最隔离的、种群密度最小的小相岭山系栗子坪自然保护区野生大熊猫种群比较显示,秦岭大熊猫种群仍具有最低的遗传多样性。Meta-analysis分析认为导致秦岭山系遗传多样性最低的原因与其种群历史有关。通过对佛坪大熊猫种群的Msvar贝叶斯溯祖分析显示,在大约17 000年间有效种群数量从5218只下降到326只,大概下降了15倍,说明佛坪大熊猫种群经历了长期的种群数量下降。这种长期的种群下降最可能是导致秦岭山系野生大熊猫种群遗传多样性最低的原因,而这个种群数量长期下降的过程可能与历史上古气候变化和人类活动有关。针对秦岭山系野生大熊猫的遗传多样性水平现状,我们希望有更多的保护管理措施致力于秦岭野生大熊猫种群遗传多样性保护。建议应该有效地保护大熊猫栖息地,规划建设生态廊道;在隔离小种群,制定种群复壮计划,引进放归个体来提高小种群的遗传多样性。