伴随着社会与经济的快速发展，人民群众对教育的需求不断增长，这便形成了教育投资供求双方日益加剧的矛盾。在资源稀缺性的约束下，人们必须关注教育资源的有效运用，必须重视教育决策所依托的的经济依据。因此，十分有必要对高等教育进行经济分析，对高等教育办学绩效进行客观评价。在甘肃这样一个经济欠发达省份，我们应该更加重视如何在有限的投入之下，提高其投入产出效益，使有限的教育资源得到充分有效的运用。本研究使用数据包络分析法（Data Envelopment Analysis，简称DEA）进行数据分析。DEA方法是根据输入数据和输出数据来评价决策单元的优劣，用以去评价部门间的相对有效性。本研究运用基于CCR模型的效率分析、前沿面投影分析、规模收益分析和基于BCC模型的效率分析四种方法进行数据分析。研究表明：1.西北师范大学、兰州理工大学、兰州交通大学、天水师范学院、河西学院、兰州城市学院处于总体效率的前沿面上，属确定性DEA有效。甘肃农业大学、兰州商学院、甘肃政法学院、甘肃中医学院、陇东学院、甘肃民族师范学院为非确定性DEA有效，存在着不同程度的投入冗余和（或）产出不足的问题。2.西北师范大学、兰州理工大学、兰州交通大学、天水师范学院、河西学院和兰州城市学院在最优生产规模下生产，处于规模收益不变阶段。甘肃农业大学、甘肃政法学院、甘肃中医学院、陇东学院和甘肃民族师范学院在小于最优规模下生产，表明DMU在投入X0的基础上，适当增加投入量，产出量将有更高比例的增加。兰州商学院在大于最优规模下生产，属于规模报酬递减阶段，没有再增加决策单元投入的必要了。3.整体而言，甘肃省省属本科院校科研的效率相对良好，12所学校中有6所学校技术相对有效，6所学校技术相对无效。甘肃政法学院、甘肃中医学院、甘肃民族师范学院的技术无效完全是由规模无效引起，这类学校应调整规模来提高效率。