生态补偿一直是近几年来中国生态环境保护中迫切需要研究解决的一个重大问题。中国国民经济和社会发展“十一五”规划提出了国土功能区划的设想，将国土空间划分为优化开发、重点开发、限制开发和禁止开发四类主体功能区。在此背景下，如何防止限制开发区和禁止开发区的生态系统受到进一步的破坏、促进这两个区域的生态修复，对因放弃开发而失去的利益和实施的生态保护行为提供补偿，是落实主体功能区划政策需要解决的重要问题。本文对主体功能区生态补偿涉及的一系列问题进行了研究。　　 通过文献综述，归纳总结出主体功能区生态补偿的两种含义，即对保持或增加区域生态系统服务的补偿和减少区域生态系统服务的赔偿。从可持续发展准则的分析出发，研究得出主体功能区划政策的实质，在于通过划定保护区以保存自然资本、实现国家的可持续发展。与此同时，如何理解生态保护区域的外部性并实施内部化，以实现补偿的目的，成为推进主体功能区划政策需要解决的重要问题。　　 通过回顾外部性理论，研究得出主体功能区生态保护具有私人外部性、公共外部性以及区内外部性和区际外部性等多重特征。以庇古理论为基础的政府或公共部门补偿途径和以科斯定理为基础的市场补偿途径，为解决主体功能区生态保护的外部性提供了思路，本文以森林保护为例子对此进行了说明。在实施补偿的过程中，自然资源产权的设置决定了补偿的主体和补偿的方向，是实施补偿的前提条件。本文以产权理论为基础，研究得出开发权与环境权的设置，是解决谁应该对谁进行补偿的关健，产权的设置要遵循一定的伦理规范。主体功能区划政策的实施会弱化限制开发区和禁止开发区的既有产权，如果不给予补偿，可能会带来社会公平问题。　　 在假定生态保护区的居民拥有开发权利的前提下，为确保生态系统服务的提供，可以由受益者向生态保护者支付。本文对区域生态服务供给的补偿标准、不对称信息对补偿标准和支付的影响，以及补偿效率与公平等进行了深入的分析，并对相关案例进行了研究。　　 在假定生态保护区的资源开发者不拥有破坏生态系统权利的前提下，需要对产生的生态破坏通过修复的方式进行补偿。本文运用数理模型分析了包含生态破坏的自然资源全价格频谱，提出可以通过生态修复权证制度、生态修复税收制度和生态修复保证金制度来建立自然资源开发的生态修复补偿机制。　　 文章最后以北京市门头沟生态涵养区为例，对主体功能区生态补偿进行了总体制度设计。