随着我国大力倡导构建“租购并举”住房租赁市场的发展,保障性住房逐渐成为重点建设对象,随之相关的法律纠纷也层出不穷。但是作为保障性住房制度运行的关键环节,保障性住房租赁合同的性质问题一直以来都存在争议。2019年最高人民法院出台《关于审理行政协议案件若干问题的规定》（以下简称“《行政协议司法解释》”）,对政府投资的保障性住房的买卖、租赁合同进行了行政协议的认定,更是引发了学者对保障性住房租赁合同性质分歧的进一步思考。保障性住房租赁合同性质界定目前在理论界存在三种学说,即“民事合同性质说”、“行政合同性质说”、“双阶段法律关系学说”。即使最高法司法解释将保障性住房租赁合同认定为行政协议,但是司法裁判中仍然存在民事、行政两种不同法律关系的裁判思路。合同性质认定的分歧直接导致司法权在面临保障性住房租赁合同纠纷时处于“无所适从”的尴尬境地。如果将保障性住房租赁合同界定为行政协议,归入行政诉讼程序审理,那么将会排除双方当事人在合同中对其他纠纷解决方式的适用,让当事人在实体及程序方面面临诸多障碍。一方面承租人的合法权难以得到保障,另一方面也阻碍合同纠纷的高效解决。因此,应当从合理科学的角度对保障性住房租赁合同的性质重新予以界定。保障性住房租赁合同的性质认定,首先,要明确民事合同和行政协议的认定标准;其次,利用标准对保障性住房租赁合同的性质展开分析,从内在合理性和外在优越性两方面对保障性住房租赁合同进行民事性认定。并且在合同民事定性的基础上,以期构建多元化的纠纷解决机制,从而促进司法权更加灵活高效地解决保障性住房租赁合同的相关法律纠纷。