20世纪90年代以来，随着知识经济的高度发展和全球化的日益加深，区域创新能力已成为区域经济的关键增长点，是区域获得竞争优势的决定性因素之一，对区域创新系统的理论研究也成为创新理论研究的热点。区域创新系统是指在一定区域范围内，以企业为主体，通过与高校、研究机构、政府以及中介机构等彼此之间的有效互动，在长期正式与非正式合作与交流的基础上形成的，以增强创新能力为主要目的的网络系统。从系统的角度来看，区域创新系统的培育促进了创新资源在区域内的流动，不仅能够提升区域内各创新主体的创新能力，而且对于建立和增强区域的竞争优势，保证区域经济健康持续的发展具有重要的现实意义。鉴于成功区域创新系统的示范效应，区域创新系统己经成为许多地区制定经济政策的战略工具。然而，区域创新系统并不都是经久不衰的，它潜在的风险问题同样不可忽视。目前，虽然有关区域创新系统的研究成果日益丰富，但是关于其风险方面的研究尚不多见。因此，区域创新系统的风险问题是一个值得研究和探索的新课题。本文在查阅大量相关文献的基础上，结合定性和定量的分析方法，对区域创新系统面临的风险进行全面的研究。鉴于区域创新系统面临的风险繁多而复杂，本文从宏观的角度来把握，先根据风险因素出现的层次将风险分类，而后分别从每类风险中选择环境风险、周期性风险、关系风险和动力缺失风险等关键性风险进行深入细致的分析，以使得本文的研究内容更有针对性，更能突出重点，为区域创新系统有效地规避风险，保证持续健康的运行提供理论参考。首先，本文在总结区域创新系统的相关理论研究成果的基础上，对区域创新系统的风险进行全面的介绍，明确其概念、内涵、特征和种类等基本的理论问题。其次，本文分析了引起区域创新系统衰落的外部环境的风险因素，并结合AHP和模糊评价的方法，提出区域创新系统环境风险的模糊综合评估方法，使创新主体和政策制定者能及时评价系统的环境风险。然后，本文对区域创新系统的周期性风险进行研究，构建区域创新系统的生命周期模型来对周期性风险进行识别、分析，并基于模糊贴近度的多目标分类算法建立区域创新系统生命周期的判定模型，进而以可持续创新为区域创新系统的建设导向，提出了一系列的防范区域创新系统周期性衰落的措施。再次，本文运用博弈论的方法分析了区域创新系统内各创新主体之间的关系风险，构建了合作网络的形成模型，对网络的结构和特性进行分析。通过分析发现，关系风险的存在会破坏区域创新系统内各创新主体之间的相互联系和合作关系，导致创新主体之间的合作网络结构松散甚至难以形成，最终使得区域创新系统由于合作行为的减少、知识流动的受阻而逐渐走向衰落。最后，本文研究了区域创新系统的动力缺失风险。由于企业追求利润的本性是区域创新系统发展的核心动力，因此本文将企业利润与企业创新和模仿的策略联系起来，建立模型反映三者之间的关系，从而明确推动区域创新系统不断创新的核心动力因素，防范系统发展的动力缺失风险。