新城疫（Newcastle disease,ND）是由新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）引发的以感染禽类为主的烈性传染病。近年来新城疫的流行虽然有所减缓,但其宿主范围却在持续扩大,新的基因型也在产生。因此开展NDV的系统发育地理学研究和构建鸡场NDV感染风险评估模型对ND的防控具有重要的意义。本研究主要包含以下2个部分:1.中国地区NDV的遗传多样性及主要流行基因型的系统发育地理学研究本研究调查了NDV近年来在我国的流行情况,并从Gen Bank收集了中国地区1986-2015年间的NDV融合基因（F）和血凝素神经氨酸酶（HN）基因序列。通过贝叶斯系统发育地理学的方法（Bayesian phylogeography）对我国流行基因型（Ⅵ、Ⅶ基因型毒株的F基因的和Ⅶ型毒株的HN基因）的遗传多样性、区域间传播路径及家禽与野鸟间的潜在传播风险等进行了推断。结果表明近年来NDV的疫情发生整体呈下降趋势,其遗传多样性也不再增加。所研究的基因包括Ⅵ型、Ⅶ型毒株的F基因和Ⅶ型毒株的HN基因均呈现较慢的平均进化速率,分别为8.07×10-4(5.06×10-4～1.09×10-3)位点/年、1.03×10-3(8.54×10-4～1.19×10-3)位点/年和8.78×10-4(7.11×10-4～1.05×10-3)位点/年。系统发育地理学的溯源分析表明各基因型的起源地可能有所不同,基因Ⅵ型最早可能起源于江西省,Ⅶ型为广西省。我国东部和南部是NDV传播扩散的地理活跃区,其中山东省和江苏省最可能是我国的传播中心,未来应该对这些区域进行重点监测和布控。此外,野鸟中ND的散发病例可能主要是由家禽溢出的,野鸟的迁徙对家禽中NDV的传播似乎只起到微弱的作用。2.规模化鸡场NDV感染风险评估模型研究本研究运用德尔菲法和层次分析法（AHP）建立了规模鸡场NDV感染风险评估模型,该风险评估模型共包含43项风险因子,其中“鸡场NDV强毒分离阳性”、“本场未接种新城疫疫苗”和“鸡场上风向1000m以内当前有新城疫流行”3项为特别优先项。模型建立后通过实地走访和问卷调查的形式对西南地区规模鸡场进行评估。结果显示调查的51个规模化鸡场均为低风险和中度风险,未出现高风险的情况。其中大型鸡场风险评估等级全部为低风险。中型鸡场低风险和中风险占比分别约为85%和15%。小型规模化养殖场中低风险占比仅为6%,而中度风险占比94%,且小型规模化鸡场在场区布局、饲养管理、无害化处理与消毒、免疫抗体水平的监测及疫病净化等方面仍存在漏洞。评估结果表明当前我国西南地区的规模化鸡场对于NDV的防控重视程度较高,未来暴发新城疫的风险较低。本研究通过对中国地区NDV主要流行基因型的F和HN基因开展系统发育地理学研究,了解其流行趋势及主要基因型的起源和传播,为ND的防制和重点监测提供了依据;同时,构建的NDV感染风险评估模型可为鸡场新城疫的防控工作提供理论依据和科学指导。