基于RNA-Seq技术筛选差异表达基因LncRNA MALAT1与NSCLC并发PTE患者的关联性研究

来源 :新疆医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:bailiyue
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目的:通过RNA-Seq技术筛选NSCLC并发PTE患者中差异基因表达谱,探讨lnc RNA MALAT1与NSCLC并发PTE患者的关联性,为患者的早期诊断及个体化治疗提供新的突破点。方法:收集2020年1月至2020年12月就诊于新疆医科大学第三临床医学院确诊的NSCLC并发PTE的患者、单纯NSCLC患者和健康体检者的外周血各4例,应用高通量测序(RNA-Seq)技术进行差异基因lnc RNA及m RNA表达谱分析,并应用GO和KEGG方法分析差异基因相关的富集及信号通路。筛选出与NSCLC及PTE最为密切相关的lnc RNA MALAT1,另收集每组患者各30例,并应用q RT-PCR检测患者外周血MALAT1、HIF-1α、NOX4及ROS的表达水平,分析相互之间的相关性。结果:NSCLC并发PTE患者对比单纯的NSCLC患者,共随机筛选出727个具有差异表达特征的lnc RNA,其中327个表达上调,400个表达下调,共筛选出了2009个具差异表达特征的m RNA,其中有1182个表达上调,872个表达下调。单纯的NSCLC患者通过与健康正常组对比,共筛选出了794个具有差异表达的lnc RNA,筛选出2300个具差异表达的m RNA,利用韦恩图得到两组患者中共同的差异基因,结果发现共同参与的KEGG通路主要涉及HIF-1α信号通路。进一步采用q RT-PCR验证发现MALAT1、HIF-1α、NOX4及ROS表达水平由高到低依次为NSCLC并发PTE组、单纯NSCLC、健康正常人,且MALAT1与HIF-1α、NOX4和ROS的相对表达水平均呈显著正相关。D-二聚体<5的患者MALAT1表达水平高于D-二聚体≥5的患者,PT水平异常的患者MALAT1表达水平高于PT水平正常的患者,差异均有统计学意义;在患者的年龄、性别、吸烟饮酒史、T分期、N分期、M分期、分化程度间无统计学差异(P>0.05)。结论:1)已在NSCLC并发PTE患者中筛选出的大量的差异基因,其中包括MALAT1、CD177、MARCH6和CDC25B等可能直接参与影响了NSCLC并发PTE疾病的进一步发生及发展;而HIF-1α信号通路、系统性红斑狼疮等信号通路在NSCLC并发PTE患者发病中起相应的作用;2)MALAT、HIF-1α、NOX4和ROS在NSCLC并发PTE患者外周血中的相对表达的水平要显著高于其相对应的单纯的NSCLC患者及健康的对照组,并且它们之间呈现显著正相关。因此我们认为MALAT1可能与HIF-1α/NOX4/ROS轴相关,参与NSCLC并发PTE患者的发生与发展;3)MALAT1在NSCLC并发PTE患者中的表达水平与D-二聚体水平及PT水平有关。
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