肉苁蓉(Cistanchedeserticola)为列当科(Orobanchaceae)肉苁蓉属(Cistanche)植物的全草，是一种具有寄生生长特性的沙生药用植物。寄生于超旱生小乔木梭梭(Haloxylonammodendron)的根部。具补肾、壮阳、润肠通便的独特药效，市场需求量很大。由于分布区域有限和无保护的乱采滥挖，野生资源量急剧下降，寄主和肉苁蓉都已沦为濒危植物，被载入《中国珍稀濒危植物》红皮书。为了解资源结构现状，以便更好的保护和利用资源，采用传统的形态学性状分析和RAPD分子标记结合的方法对濒危植物肉苁蓉种质资源进行了种内变异类型和遗传多样性研究。 在野生肉苁蓉种群内，以花冠裂片颜色的差异为基础，初步筛选出9种变异类型。用生殖器官的13个外部形态学性状进行差异量化分析，得到变异系数(CV)最大为34.04﹪，最小9.04﹪；相似性系数在0.2727-0.8181之间，用UPGMA法制作了形态学性状聚类图；对9种变异类型又进行了RAPD分析。摸索并建立了肉苁蓉RAPD-PCR的最佳反应条件。从60个随机引物中筛选出扩增效果好、重复性好的12个引物，共扩增出360条带，其中109条为多态性带，平均多态率30.27﹪，低于植物种间变异水平。变异类型间遗传距离变化范围为0.1133-0.4251，种内遗传多样性Hs=0.1123，基因分化系数Gst=0.2323，种内遗传变异占总变异的23.23﹪。用UPGMA法制作了RAPD分子标记聚类图。 采用两种方法的结果，综合分析了肉苁蓉种内遗传多样性，划分出种内存在的不同变异类型及其亲缘关系，掌握肉苁蓉种内遗传多样性的丰富度。为资源的合理保护、利用和可持续发展、人工种植等研究提供重要的理论依据。