本文以两阶段DEA方法为基础，紧紧围绕决策偏好这一决策过程中常见的约束，针对现实评价过程中可能会出现的资源分配、群组偏好等特殊问题，对现有两阶段DEA模型进行了归纳及拓展研究。一般地，狭义的决策偏好来自决策者自身，如决策者对指标的好恶或是对决策权重的主观限制等;而广义的决策偏好可理解为所有可能影响决策结果的内在、外在条件，包括来自决策者本身的，也包括超出决策者可控范围的约束，如资源约束，成本约束，环境约束等。全文研究围绕链形生产系统评价过程中的决策偏好约束而展开讨论，重点研究了各种决策偏好对链形生产系统评价策略、方案乃至最终评价结果的影响。　　全文研究共分6章，第1章介绍了DEA方法基本理论以及两阶段DEA的基本模型，同时介绍了本文的研究背景及研究方法;接下来第2章研究了在单阶段DEA框架下决策者偏好和对决策策略的影响;第3章研究两阶段链型生产系统的相关性质，并提出了两阶段链形系统生产可能集的三种定义方式;第4章提出了一种考察指标之间交易的两阶段DEA效率评价模型(FSDEA)，并探讨在排碳指标收到约束的条件下如何利用FSDEA对能源供应链(Energy supply chain)进行效率评价，并给出改进的方向;第5章进一步研究基于偏好的DEA方法，提出了一种基于群组偏好的DEA方法(CSDEA)，在研究中我们重点考察了一类来自生产可能集以外的群组偏好约束（外生偏好），并讨论了上述偏好对两阶段DEA评价方法和评价结果的影响，以及上述影响背后的管理学启示。　　全文主要贡献如下:　　1)我们研究了针对竞争决策单元的DEA模型。该研究首先对各决策单元产出之和为常数的现象进行了讨论，并在此基础上推广至投入及产出之和为一般性约束的情形。我们发现在给定约束条件下，决策单元可以通过提高产出或削减投入达到有效，同时提高或削减的程度均低于传统CCR模型所揭示的程度。此外，我们的模型还可以帮助决策者深入了解竞争对象（与谁竞争）及竞争强度（竞争多少）等重要信息，从而为处于激烈市场竞争中的决策主体提了供重要的决策依据。　　2)我们研究了两阶段链型生产系统的相关性质。研究中我们给出了两阶段链形系统生产可能集的三种定义形式，证明了三者的等价性，并建立了基于生产可能集的DEA效率评价模型。本文方法直观简洁，可帮助各链形系统确定自身效率改进的标杆，这有助于决策者深入分析决策过程中非有效因素的来源并做出针对性改进。　　3)我们提出的FSDEA模型研究了排碳指标交易对排碳主体运行效率的影响。该研究讨论了如何在能源产出与环境保护中找到平衡，提出了提升排碳主体运行效率的“经济路线”。此外，FSDEA模型研究了各子阶段决策单元改进运作水平所需要的技术成本，以及各排碳主体在优化效率过程中单位成本下的成本收益情况。有别与传统DEA方法的粗线条评价模式，FSDEA基于成本收益的评价方案为能源（环境）管理者提供了决策新视角。　　4)我们研究了群组决策偏好对两阶段DEA效率评价的影响。我们以两阶段链形生产系统为背景，提出了一种考虑决策单元群体偏好的多属性决策方法(CSDEA)，并分别用来描述决策过程中“效率优先”和“公平优先”等两类典型的群组策略偏好。基于上述两种不同的群组偏好，CSDEA重新设计了决策序列，确定了符合偏好约束的决策单元改进标杆。该研究为决策者在群体偏好环境下使用多属性决策方法提供了新的思路。