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第一部分多维度探索三阴性乳腺癌预后因素及治疗靶点的研究
背景与目的三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer，TNBC)异质性大、治疗方案单一且预后较差。除临床病理因素外尚缺乏精准预测TNBC预后的指标以及针对特殊类型TNBC的治疗靶点。本研究旨在基于基因突变图谱以及肿瘤免疫状态，结合患者预后信息，发掘潜在的预后指标与治疗靶点。
方法本项目对75例三阴性乳腺癌患者进行下一代测序(Next Generation Sequencing，NGS)，获得胚系和体系的变异情况以及肿瘤突变负荷(tumor mutation burden，TMB)和微卫星不稳定(microsatellite instability，MSI)的分布情况，探讨不同因素对生存的影响。再运用DAVID生物信息数据库对75例TNBC的测序结果进行体细胞突变层面的基因富集分析。
结果本研究发现了27个胚系突变:26个同源重组修复(homologous recombination repair，HRR)通路基因突变及1个错配修复基因突变;480个体细胞突变:其中拷贝数变异(copy number variation，CNV)110个。本研究发现有无胚系HRR突变、BRCA1/2突变的TNBC患者的5年DFS无统计学差异(p=0.0624，p=0.15)。本研究TMB的中位值为4.1Muts/Mb，生存分析显示TMB-1组的5年DFS较TMB-h组差(p=0.0457)。本研究未检测到MSI-h。本研究发现的高频体细胞突变包括:TP53(91％)、MYC(14％)、PIK3CA(11％)、MCL1(11％)、EPHA3(9％)、GATA3(9％)、FAT3(8％)、RBl(8％)、CCND2(6％)、CCNE1(5％)。其中有CCNE1拷贝数扩增的TNBC5年DFS明显更差(p＜0.0001)。COX多因素回归确定肿瘤大小(T)、脉管浸润(lymphovascular invasion，LVI)以及CCNE1拷贝数扩增是DFS的独立危险因素:T，HR=2.01(95％可信区间1.05-3.87)，p=0.036;LVI，HR=2.81(95％可信区间1.1-7.17)，p=0.031;CCNE1，HR=13.48(95％可信区间2.62-69.23)，p=0.002)。并发现CCNE1扩增的TNBC都在TMB-1组，并且与BRCA1/2突变出现互斥。进一步的基因富集分析确定了CCNE1扩增影响预后的基因通路为有丝分裂细胞周期G1/S转换中的转录调控(regulation of transcription involved in G1/S transition of mitotic cell cycle)通路。
结论胚系HRR突变或BRCA1/2突变对TNBC的预后没有影响。TMB≥4.1Muts/Mb的三阴性乳腺癌患者相较于TMB＜4.1Muts/Mb的患者具有生存优势，这可能与CCNE1作为TMB低组的特异性体细胞变异位点而导致TMB低组的不良预后有关。用于指导其他实体瘤免疫治疗的指标MSI-H可能不适用于TNBC。肿瘤大小、脉管浸润和CCNE1拷贝数扩增是TNBC的独立危险因素。TNBC中CCNE1扩增与BRCA突变具有互斥性。CCNE1扩增的TNBC可能是CDK4/6抑制剂(帕博西林)、硼替佐米(蛋白酶体抑制剂)的潜在治疗靶点。
关键词:乳腺癌;基因突变;乳腺癌易感基因1/2;肿瘤突变负荷;细胞周期蛋白E1
第二部分乳腺保乳术与乳腺全切术对中国BRCA1/2突变乳腺癌患者预后影响的研究
背景与目的:乳腺癌是中国女性发病率和死亡率第一的恶性肿瘤，BRCA1/2胚系突变的乳腺癌由于乳腺癌发病风险增加而可能使BRCA1/2胚系突变的乳腺癌患者无法进行保乳手术。对于BRCA1/2基因突变的中国乳腺癌患者，保乳手术是否是一个合理的选择尚待商榷。
方法:我们回顾性分析不同手术方式对胚系BRCA1/2突变的中国乳腺癌患者生存预后的影响。从数据库中检索1120名中国女性原发性浸润性乳腺癌患者，对高危531名患者进行下一代测序发现了56名BRCA1/2基因突变的乳腺癌患者，分为保乳手术组和乳腺全切组。采用卡方检验、log-rank检验和Cox回归的统计学方法，分析不同手术方式对中国BRCA1/2胚系突变的乳腺癌患者预后的影响。
结果:15例患者(26.8％)接受了保乳手术，41例患者(73.2％)接受了乳腺全切术。乳腺全切术后的患者TNM分期明显更晚(p=0.000)，淋巴结阳性率更高(p=0.001)，淋巴结转移的个数更多(p=0.008)，出现脉管浸润的可能性更大(p=0.025)。中位随访时间为20.5个月。保乳手术组局部复发率(13.3％)比乳腺全切组(0.0％)高且有显著的统计学差异(p=0.006)，但接受保乳手术组的无病生存(DFS)和总生存(0S)与接受乳腺全切组没有统计学差异(p=0.126和p=0.865)。在对临床病理因素进行校正以后，保乳和全切的无病生存、总生存以及无复发生存均没有统计学差异。[HRDFS=6.4,confidenceinterval(CI):0.4-115.8,P=0.21;HROS=0.18,confidenceinterval(CI):0.01-32.1,P=0.52;HRRFS=0.002,CI0.001-18.9,P=0.95,respectively).
结论:因此，乳腺保乳手术可能是中国BRCA1/2胚系突变的乳腺癌患者的一种安全、合理的选择。但在选择手术治疗时，应考虑TNM分期、淋巴结是否有转移及是否有脉管浸润。
背景与目的三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer，TNBC)异质性大、治疗方案单一且预后较差。除临床病理因素外尚缺乏精准预测TNBC预后的指标以及针对特殊类型TNBC的治疗靶点。本研究旨在基于基因突变图谱以及肿瘤免疫状态，结合患者预后信息，发掘潜在的预后指标与治疗靶点。
方法本项目对75例三阴性乳腺癌患者进行下一代测序(Next Generation Sequencing，NGS)，获得胚系和体系的变异情况以及肿瘤突变负荷(tumor mutation burden，TMB)和微卫星不稳定(microsatellite instability，MSI)的分布情况，探讨不同因素对生存的影响。再运用DAVID生物信息数据库对75例TNBC的测序结果进行体细胞突变层面的基因富集分析。
结果本研究发现了27个胚系突变:26个同源重组修复(homologous recombination repair，HRR)通路基因突变及1个错配修复基因突变;480个体细胞突变:其中拷贝数变异(copy number variation，CNV)110个。本研究发现有无胚系HRR突变、BRCA1/2突变的TNBC患者的5年DFS无统计学差异(p=0.0624，p=0.15)。本研究TMB的中位值为4.1Muts/Mb，生存分析显示TMB-1组的5年DFS较TMB-h组差(p=0.0457)。本研究未检测到MSI-h。本研究发现的高频体细胞突变包括:TP53(91％)、MYC(14％)、PIK3CA(11％)、MCL1(11％)、EPHA3(9％)、GATA3(9％)、FAT3(8％)、RBl(8％)、CCND2(6％)、CCNE1(5％)。其中有CCNE1拷贝数扩增的TNBC5年DFS明显更差(p＜0.0001)。COX多因素回归确定肿瘤大小(T)、脉管浸润(lymphovascular invasion，LVI)以及CCNE1拷贝数扩增是DFS的独立危险因素:T，HR=2.01(95％可信区间1.05-3.87)，p=0.036;LVI，HR=2.81(95％可信区间1.1-7.17)，p=0.031;CCNE1，HR=13.48(95％可信区间2.62-69.23)，p=0.002)。并发现CCNE1扩增的TNBC都在TMB-1组，并且与BRCA1/2突变出现互斥。进一步的基因富集分析确定了CCNE1扩增影响预后的基因通路为有丝分裂细胞周期G1/S转换中的转录调控(regulation of transcription involved in G1/S transition of mitotic cell cycle)通路。
结论胚系HRR突变或BRCA1/2突变对TNBC的预后没有影响。TMB≥4.1Muts/Mb的三阴性乳腺癌患者相较于TMB＜4.1Muts/Mb的患者具有生存优势，这可能与CCNE1作为TMB低组的特异性体细胞变异位点而导致TMB低组的不良预后有关。用于指导其他实体瘤免疫治疗的指标MSI-H可能不适用于TNBC。肿瘤大小、脉管浸润和CCNE1拷贝数扩增是TNBC的独立危险因素。TNBC中CCNE1扩增与BRCA突变具有互斥性。CCNE1扩增的TNBC可能是CDK4/6抑制剂(帕博西林)、硼替佐米(蛋白酶体抑制剂)的潜在治疗靶点。
关键词:乳腺癌;基因突变;乳腺癌易感基因1/2;肿瘤突变负荷;细胞周期蛋白E1
第二部分乳腺保乳术与乳腺全切术对中国BRCA1/2突变乳腺癌患者预后影响的研究
背景与目的:乳腺癌是中国女性发病率和死亡率第一的恶性肿瘤，BRCA1/2胚系突变的乳腺癌由于乳腺癌发病风险增加而可能使BRCA1/2胚系突变的乳腺癌患者无法进行保乳手术。对于BRCA1/2基因突变的中国乳腺癌患者，保乳手术是否是一个合理的选择尚待商榷。
方法:我们回顾性分析不同手术方式对胚系BRCA1/2突变的中国乳腺癌患者生存预后的影响。从数据库中检索1120名中国女性原发性浸润性乳腺癌患者，对高危531名患者进行下一代测序发现了56名BRCA1/2基因突变的乳腺癌患者，分为保乳手术组和乳腺全切组。采用卡方检验、log-rank检验和Cox回归的统计学方法，分析不同手术方式对中国BRCA1/2胚系突变的乳腺癌患者预后的影响。
结果:15例患者(26.8％)接受了保乳手术，41例患者(73.2％)接受了乳腺全切术。乳腺全切术后的患者TNM分期明显更晚(p=0.000)，淋巴结阳性率更高(p=0.001)，淋巴结转移的个数更多(p=0.008)，出现脉管浸润的可能性更大(p=0.025)。中位随访时间为20.5个月。保乳手术组局部复发率(13.3％)比乳腺全切组(0.0％)高且有显著的统计学差异(p=0.006)，但接受保乳手术组的无病生存(DFS)和总生存(0S)与接受乳腺全切组没有统计学差异(p=0.126和p=0.865)。在对临床病理因素进行校正以后，保乳和全切的无病生存、总生存以及无复发生存均没有统计学差异。[HRDFS=6.4,confidenceinterval(CI):0.4-115.8,P=0.21;HROS=0.18,confidenceinterval(CI):0.01-32.1,P=0.52;HRRFS=0.002,CI0.001-18.9,P=0.95,respectively).
结论:因此，乳腺保乳手术可能是中国BRCA1/2胚系突变的乳腺癌患者的一种安全、合理的选择。但在选择手术治疗时，应考虑TNM分期、淋巴结是否有转移及是否有脉管浸润。