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叶尔羌高原鳅（Triplophysa yarkandensis）是新疆南部塔里木河流域的特有鱼类,其个体大、生长快,曾是塔里木河的主要经济鱼类之一。然而,近几十年来,塔里木河干流水流量日益减少、水体盐碱化程度加剧、加上人类的高强度捕捞、鲤鲫等外来鱼类引入造成的生存空间、饵料生物竞争等问题,导致叶尔羌高原鳅种群数量急剧减少,即将成为继扁吻鱼和塔里木裂腹鱼之后的又一濒危物种。因此,开展叶尔羌高原鳅种群资源调查,从分子水平解析群体遗传多样性现状、群体遗传结构特征和种群历史动态等信息,对其种质资源保护和科学开发利用有重要的指导意义。鉴于此,本研究分别采用SSR标记、线粒体DNA标记（Cytb、COI和D-loop）以及SNP标记对塔里木河两条支流（车尔臣河和渭干河）的叶尔羌高原鳅进行了群体遗传学分析,主要研究结果如下:1.叶尔羌高原鳅多态性SSR标记的开发在叶尔羌高原鳅性腺转录组的46,356条转录本序列中共检索到10,343个SSR位点,从中筛选重复单元为四碱基以上、重复次数在5次以上、产物大小在300 bp以内的105个位点作为候选SSR标记。随机选择8个样品的DNA作为SSR标记的筛选的PCR模板,经琼脂糖凝胶电泳初筛、聚丙烯酰胺凝胶电泳复选、毛细管电泳进一步验证,最终得到10个四碱基重复的多态性SSR位点,各位点的观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）分别在0.312-0.828和0.629-0.873之间,多态信息含量PIC值在0.531与0.856之间,表明各位点均有较高的多态性;各位点均未偏离哈代温伯格平衡（P＞0.05）,表明这10个SSR位点均可用于后续群体遗传学研究。2.基于SSR标记的叶尔羌高原鳅群体遗传学研究利用新开发的10个SSR标记对8个叶尔羌高原鳅群体进行遗传多样性和遗传结构分析,结果显示,各群体的多态信息含量（PIC）、观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）范围分别为0.629-0.696、0.607-0.736和0.655-0.755,表明各群体的遗传多样性水平均较高。群体间的遗传距离在0.0389至0.2090之间,遗传分化指数(Fst)均小于0.05;AMOVA分析显示,遗传变异主要来源于群体内部（97.23%）;群体间基因流均大于1,各群体间存在一定的基因交流。群体遗传结构分析显示,两支流群体的基因组成有明显差异;基于遗传距离构建的聚类树显示,渭干河群体与车尔臣河群体分别位于不同的遗传分支上,这些结果表明两支流群体间存在明显的遗传分化。对群体间进行基因流分析发现,台特玛湖群体（TTM）为塔里木河中下游的扩散中心,扩散方向为渭干河和车尔臣河上游。3.基于线粒体Cytb、COI和D-loop序列的叶尔羌高原鳅群体遗传学分析分别用Cytb、COI和D-loop序列对8个叶尔羌高原鳅群体进行遗传学多样性和遗传结构分析,结果显示,基于Cytb、D-loop和COI序列分别获得了41、51和22个单倍型,单倍型多样性指数分别为0.9247、0.9776和0.8829,核苷酸多样性指数分别为0.0065、0.0115和0.0032,这表明各群体的遗传多样性水平均较高。AMOVA分析结果显示,遗传变异主要来源于群体内部（Cytb,96.57%;D-loop,95.25%;COI,95.12%）,而且各群体间的遗传距离值小,遗传分化指数Fst值低,属于弱分化水平。基于样本构建的NJ系统发育树和单倍型构建的网络进化图均显示,各群体的样本没能形成明显的地理聚群和谱系结构。虽然两支流群体间存在潜在的遗传障碍,并发生了一定的遗传分化,但其遗传分化指数只在0.05附近(Cytb,Fct=0.0540;D-loop,Fct=0.0471;COI,Fct=0.0400)。种群历史动态分析结果表明,叶尔羌高原鳅种群数量相对稳定,未经历过明显的扩张。4.基于SNP标记的叶尔羌高原鳅群体遗传学分析采用RAD-seq测序技术对9个叶尔羌高原鳅群体共119个样本进行基因分型,通过Illumina测序平台共获得164.81 Gb的数据量,在其中筛选到129,873个候选SNPs位点用于群体遗传学分析。结果显示,叶尔羌高原鳅各群体的遗传多样性水平均较高,AMOVA分析显示,群体间遗传分化系数Fst在0.4579-0.8736之间,遗传变异的主要来源于群体间(Fst=0.67),表明群体间的基因流较低。基于主成分的判别分析（DAPCs）和NJ系统进化树分析显示,9个群体形成南北两个聚群,且两聚群间存在一定的遗传分化,但并未形成明显的按照渭干河与车尔臣河地理分布位置的聚类结果。Barrier分析发现,除了台特玛湖群体外,两支流之间存在遗传障碍。种群历史动态分析结果表明,叶尔羌高原鳅群体数量在10万年前到8万年前发生过扩张,在4万年前至今群体数量趋于平缓,种群未经历过遗传瓶颈,有效群体大小相对稳定。综合本研究结果,塔里木河中下游叶尔羌高原鳅群体遗传多样性水平较高,但是渭干河群体与车尔臣河群体之间存在一定程度的遗传分化,两支流群体间存在着遗传障碍,这可能是受到生境破碎化的影响,因此有必要采取有效的措施对叶尔羌高原鳅的栖息环境进行保护,如控制上游荒地开发,尤其控制高耗水作物种植面积的扩大,以防止上游供水量急剧减少,严格执行每年一次的下游生态补水工程等,避免因生境片段化问题而导致的种群遗传多样性降低。