目的表皮生长因子受体（epidermal growth factor receptor,EGFR）是非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer,NSCLC）患者中突变率最高的基因,准确检测出其突变类型有助于指导患者接受靶向药物治疗从而延长患者生存期。为了得到准确的检查结果,基因检测平台对标本质量有一定要求。已有文献报道标本的肿瘤细胞数量及其比例等会影响EGFR基因突变检出率,本研究旨在分析NSCLC小活检标本质量与ARMS（amplification refractory mutation system,ARMS）法检测EGFR基因突变检出率的关系。方法收集299例小活检肺腺癌病例的临床特征、在显微镜下评估切片的肿瘤细胞数量及比例、标本提取的DNA浓度、EGFR基因突变检测结果,分析标本质量与EGFR基因突变检出率的关系。结果肿瘤细胞数≤500与＞500组EGFR基因突变阳性率为分别为40.7%（11/27）及43.8%（119/272）,两者间无统计学差异（P=0.764）。DNA浓度≤20.4 ng/μl及＞20.4 ng/μl组的基因突变阳性率为分别为42.7%（64/150）及44.3%（66/149）,两者间无统计学差异（P=0.776）。肿瘤细胞比例≤30%及＞30%组的阳性率分别为29.4%（20/68）、47.6%（110/231）,两者间存在统计学差异（P=0.008）。多因素Logistic分析显示男性、甲状腺转录因子1（thyroid transcription factor-1,TTF-1）阴性、有吸烟史及肿瘤细胞比例＜30%是影响EGFR基因突变低检出率的主要因素。结论在达到检测的最低要求后,肿瘤细胞比例仍可影响EGFR基因突变检出率。有必要在基因检测切片后再次评估最后一张切片的肿瘤细胞比例,对于肿瘤细胞比例过低的标本,建议通过显微切割等方法富集肿瘤细胞,提高其肿瘤细胞比例,得出更准确的检测结果。对于无法进行肿瘤细胞富集的标本,可行循环肿瘤DNA（circulating tumor DNA,ct DNA）检测作为补充,若结果仍为阴性才需考虑再次活检获取足够的肿瘤标本进行分子检测。目的福尔马林固定石蜡包埋（formalin fixed paraffin embedded,FFPE）组织现阶段仍是NSCLC基因突变分析的主要标本来源。然而部分标本进行组织学诊断及辅助检测后没有足够的肿瘤细胞剩余以进行分子检测,减少了患者接受靶向治疗的机会。因此寻找可靠的组织来源并最大限度利用取材得到的所有组织和细胞以完成多种检测是当前临床病理的一大挑战。方法本研究共收集了324例经支气管镜肺活检术（transbronchial lung biopsy,TBLB）取材肺癌小活检标本固定液的细胞沉渣标本,包括第一阶段收集的163例（TBLB1组）,以及改进取材方法后在第二阶段收集的161例（TBLB2组）。评估细胞沉渣和配对石蜡组织标本的肿瘤细胞数量和比例,对部分满足检测条件的标本进行实时荧光定量PCR和二代测序（Next-generation sequencing,NGS）检测。结果324例小活检标本中,石蜡组织标本的合格率为78.4%,细胞沉渣标本的合格率为89.8%,两者总合格率为94.8%。TBLB1组的石蜡组织标本合格率为76.1%,细胞沉渣标本合格率为84.7%,两者总合格率为92.0%。TBLB2组的石蜡组织标本合格率为80.7%,细胞沉渣标本合格率为95.0%,两者总合格率为97.5%。石蜡组织标本中检测到的体细胞突变在配对的细胞沉渣标本中均能检测到。使用改进的取材方法明显提高的了TBLB石蜡组织和细胞沉渣标本的肿瘤细胞数量及两者总合格率。结论肺癌小活检标本固定液的细胞沉渣标本作为分子检测标本其质量等同甚至更优于石蜡组织标本。将细胞沉渣标本与石蜡组织标本结合使用,将提高晚期NSCLC患者基因突变的检出率。我们建议临床医生、病理医生采用改进后的方法取材且必要时结合使用石蜡组织和固定液细胞沉渣进行分子检测从而指导NSCLC病人的靶向治疗用药。