西方发达国家在经历了近三十年的新公共管理改革后发现，他们一直倡导的“竞争性政府”虽然提高了政府公共服务质量和工作效率，但是也产生了许多如“忽视了部门之间的合作与协调，带来了碎片化的制度结构”等很难解决的问题。对于这类问题的解决，尤金·巴达赫在《跨部门合作——管理“巧匠”的理论与实践》中推出了“跨部门合作”理论，通过集中讨论地方政府公共服务提供的跨部门合作，寻找一种更为系统的分析透镜。本文综合运用比较研究法、实证研究法，规范研究方法等研究手段，深入探讨了跨部门合作理论的研究对象，研究目的，通过解决谁“掌舵”、寻找公共价值、激励参与者、应对变化、机构重组、建立跨区域网络等合作中的难题，用以分析一些具有整合性、目的性和创造性的管理活动。跨部门合作是一种全新的思维方式和治理方式，包括了务实性创新、不同规模的组织重塑，以及各种形式的能力建设活动，试图构建一个宽容的多元文化的行政模式。在此基础上对跨部门合作理论的合理性和局限性进行分析，提出对策，希望在此背景下研究跨部门合作机制，使政府在体制改革过程中逐渐注重建立健全跨部门合作机制，最大程度的发挥结构性力量，实现不同行政部门在功能上的互补、行动上的协调及资源上的整合，而并不是将各部门简单的结合在一起。我国目前进入了全面发展的新阶段，对政府部门的运作也有了新的要求，提高行政效率，完善部门职能，加强部门间协调，成为中国改革的新需要。胡锦涛总书记在十七大报告中提出要加大机构整合力度，探索实行职能有机统一的大部门体制，健全部门间协调配合机制。本文通过结合跨部门合作理论的理论要点，联系中国行政体制改革的现状，希望可以为完善我国政府部门间协调和跨区域治理提供有益的参考。