随着科学技术的不断发展,我国公共财政资金用于科技发展的经费大幅上升,高校作为科技创新的主力军承揽的科研项目以及获得的科研经费不断增多。随着科研经费的增长,经费的使用和经费的管理上出现越来越多的问题。高校科研管理的核心是经费管理,如何科学高效的管理国家公共部门投入的科研经费,保证经费合理合规使用,促进科学事业的有效开展是新形势下值得深入研究的问题。国内外学者对于高校科研经费管理已有不少研究,主要集中于高校科研经费的预算管理、核算管理、监督管理以及对科研人员的激励机制方面,但研究缺乏系统性,实证分析也不多。在分析问题上,也没有从国家层面、高校层面和科研人员等各方参与者的角度进行剖析。因此本文是在现有研究基础上,以C高校纵向科研项目经费全过程管理为研究对象,运用文献法、案例分析法、调查研究法对C高校纵向科研项目经费的取得、使用及结算全过程管理进行系统研究。研究发现C高校在经费的取得阶段存在预算编制不够科学、缺乏专业人员指导,预算审核不到位等问题;在经费的使用阶段存在经费实际开支与预算不符、支出结构不合理,有违规报销的现象,监管也不严;在经费结算阶段有结题不结账的现象。研究发现产生这些问题的原因是国家缺乏统一的科研经费管理制度,C高校管理不到位,以及部分科研人员缺乏求真务实的科研工作作风。C高校在纵向科研项目经费管理上存在的问题具有一定的代表性,本文以C高校管理实践为基础,提出完善我国高校纵向科研项目经费全过程管理的对策。国家要从顶层设计上完善纵向科研项目经费的管理制度,高校内部要建立健全纵向科研项目经费的全过程管理来解决管理上的问题,通过建立科学合理的激励机制来调动科研人员积极性。以成果为导向,建立政府购买科研成果新模式可以从源头上杜绝科研经费使用的乱象。