基于生物信息学研究乳腺癌与心肌梗死的共同相关基因

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背景随着技术的革新与发展,肿瘤学与心脏病学越来越密不可分。乳腺癌是女性中发病率最高的恶性肿瘤,乳腺癌相关心血管并发症尤其是心肌梗死等急症是造成患者死亡的一大因素。研究乳腺癌与心肌梗死的关系对于加深疾病认识,提高患者生活质量,降低疾病死亡率意义重大。目的采用生物信息学方法,基于GEO数据库检索人乳腺癌、心肌梗死外周血单核细胞基因芯片,采用基因芯片中的差异表达基因分析,筛选共调节基因,从而揭示乳腺癌、心肌梗死之间的潜在联系。方法通过GEO数据库筛选出人心肌梗死外周血单核细胞样本集GSE141512、人乳腺癌外周血单核细胞样本集GSE27562,使用条件“|Log Fc|≥0.5,且P≤0.05”分析筛选出各自样本集的差异表达基因,通过“韦恩图”将差异表达基因中的上调基因“MI-DEGs-up、Bca-DEGs-up”和下调基因“MI-DEGs-down、Bca-DEGs-down”分别取交集获得共调节基因,再使用DAVID在线软件对共调节基因进行GO功能富集分析。随后利用在线数据库STRING进行共调节基因间的蛋白相互作用分析,构建PPI蛋白互作网络,利用Cytoscape进行PPI的可视化展示,以筛选出关键基因,最后采取CTD数据库验证筛选出的关键基因是否同时与心肌梗死和乳腺癌的发生相关。结果心肌梗死样本集中具有明确Gene Symbol的差异表达基因共112个,其中上调基因51个(MI-DEGs-up),下调基因61个(MI-DEGs-down);乳腺癌样本集中具有明确Gene Symbol的差异表达基因共1502个,其中上调基因1125个(Bca-DEGs-up),下调基因377个(Bca-DEGs-down);将这些差异表达基因取交集后得到11个共调节基因:THBS1,FAM198B,BCL6,ACSL1,SOCS3,FPR2,MAFB,CR1,CD14,CCR1以及TLR8。GO功能富集分析共调节基因后,发现其BP的功能主要集中在炎症反应、补体受体介导的信号通路、镁离子反应、细胞基质粘附的负调控、My D88-依赖的toll样受体信号通路、蛋白质磷酸化的调节、先天免疫反应、细胞粘附以及I-kappa B激酶/NF-kappa B信号。STRING对共调节基因进行分析后,筛选出3个关键基因:TLR8,CD14,CCR1。最后CTD数据库验证了这3个关键基因同时与心肌梗死和乳腺癌的发生相关。结论人外周血单核细胞中的共调节基因(TLR8,CD14,CCR1)同时与心肌梗死和乳腺癌发生相关。
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