县域经济作为统筹城乡经济社会发展的基本单元，是国民经济的重要基础。三农工作不仅是目前党和政府工作的重中之重，也是当前新农村建设的关注点。2011年长沙县财政收入达到120亿元，与此同时，政府对各个行业，特别是农业方面的投入也不断加大。政府作为公共资源的受托者和重要的信息制造者及拥有者，对社会公众负有广泛的责任，因此，财政资金使用的经济性、效率性和有效性更是成为社会关注的重点；然而对其运营绩效的关注和评价，需要以相应的制度作为基础，以适应新型政府建设的需要。专项审计是指对专项资金使用所涉及领域进行的规模比较大的审计，在把涉及的一系列被审计单位的真实情况摸清，对存在的问题查清、搞透，予以揭露的基础上，从总体上、全局上发现倾向性、普遍性的问题。因此，开展专项审计可能取得比较显著的审计效果。作为县级审计机关，做好县级农业专项审计，研究并规范县级涉农专项审计更是具有重要意义。本文通过集中研读和分析长沙县审计局2007年至2011年农业专项审计案例，分析长沙县农业专项审计中存在的主要问题，并进一步思考和剖析产生这些问题的主要原因，最后从审计质量和资金使用效益方面就如何做好农业专项资金进行探讨。